找出异常值:策略匹配癌基因与前列腺癌亚型

一项新的研究揭示了一种之前未知的候选癌基因，它似乎在前列腺癌的一个子集中发挥着重要作用。这项研究发表在《细胞出版社》6月刊上癌症细胞，描述了一种新的策略，可以用来发现癌症亚型中尚未被很好理解的“异常值”基因。

“我们知道，ETS基因融合发生在40%-80%的前列腺特异性抗原(PSA)筛查的前列腺癌中，其余20%-60%的前列腺癌中关键基因畸变是未知的。此外，我们已经证明ets阳性和阴性癌症有不同的转录特征，这表明独特的癌基因和下游靶点在融合阴性癌症中发挥作用，”来自密歇根大学医学院的Arul M. Chinnaiyan博士解释说。

Chinnaiyan博士和他的同事们使用一种新开发的方法的改进版本，即癌症异常值分析(Cancer Outlier Profile Analysis, COPA)，来寻找导致ets阴性前列腺癌的致癌基因。这种方法可以在特定的癌症病例子集中确定异常值致癌基因。使用这种方法，他们检查了七项前列腺癌分析研究的数据，发现与良性前列腺细胞相比，SPINK1(丝氨酸肽酶抑制剂，Kazal type 1)在前列腺癌中过表达，并与ETS家族成员相互排斥过表达。

SPINK1异常值表达可在无创尿中检测到，SPINK1异常值表达是前列腺癌手术切除后复发的有效独立预测因子。此外，侵袭性ets阴性22RV1细胞系被鉴定为SPINK1异常值表达模型。在这些细胞中减少SPINK1可以减少入侵，提示SPINK1在ets阴性前列腺癌中发挥功能作用。

这些结果确定SPINK1是侵袭性ets阴性前列腺癌特异性的生物标志物。需要进一步的研究来确定SPINK1在ets阴性癌症中过表达的机制。Chinnaiyan博士总结道:“我们的研究还扩展了我们最初的COPA方法的效用，使用元COPA策略来提名特定类型癌症的候选致癌基因。”

来源:Cell Press