解码白血病患者基因组织科学家对其他患者的突变
解码癌症患者的完整DNA正在圣路易斯在华盛顿大学医学院提供科学家，更清楚地了解疾病复杂性，并让他们在患者中看到有趣和意外的遗传关系。
8月5日在线报告新英格兰医学杂志科学家们已经对另一名急性髓系患者的基因组进行了测序白血病（AML），发现癌细胞中的遗传变化套件。他们的研究表明，这些突变中的一个也很常见脑部肿瘤称为胶质瘤，另一个在第二患者中发生相同类型的白血病。既不与白血病有关的突变。
研究人员说，这些基因错误有时会发生在其他患者身上，这一事实有力地表明，这些突变与癌症的发展和进展有关。虽然这一信息还没有指出更好的治疗选择，但它强调了对许多癌症基因组进行测序以阐明癌症的遗传基础的巨大潜力。
"Only by sequencing complete genomes of cancer patients are we going to find unexpected, recurring genetic mutations that are highly likely to be important for cancer to develop and grow," says hematologist and senior author Timothy Ley, M.D., the Alan A. and Edith Wolff Professor of Medicine, who led the team that sequenced the first genome of a cancer patient last year. "Gaining a genome-wide understanding of cancer lays the foundation for developing more powerful ways to diagnose, classify and treat patients."
有趣的是，在基因组区域中的基因中的基因之间存在大部分大部分突变，可能影响基因的基因组。科学家们尚未充分理解这些领域，现在只能为其与癌症的联系而开采。
在陪同的社论中，詹姆斯·唐宁，M.D.，圣裘德儿童研究院，该研究“开辟了清晰的窗口进入癌症基因组排序中的快速进步。”
这项新研究是由华盛顿大学基因组中心、巴恩斯犹太医院Siteman癌症中心和华盛顿大学医学院的一个大型研究团队进行的。
同一支球队去年晚些时候突破了新的地面，当他们成为癌症患者的全部序列，一个患有这种疾病的AML的女人。本质上发表的研究证明了解码病人的基因组的可行性癌细胞并将其与患者正常，健康细胞的基因组进行比较，以找到对人类疾病具有独有的基因突变。但在那项研究中，科学家发现了一个完全不同的突变，而不是目前研究的突变，并且发现该患者中的新突变都没有发现近200名其他患者的患者 - 一个发现遗传患者的发现癌症的复杂性和多样性。
“只有通过测序数千次癌症基因组，我们将发现并理解这种疾病中的遗传突变的复杂网页和改变的分子途径，”Genome的联合主任博士表示艾琳·伊莱恩·麦迪斯（Ph.D）。中心。“我们发现的可能导致我们完全重组我们定义肿瘤类型和亚型的方式。”
在他们的最新努力中，科学家们对一名38岁时被诊断为急性髓细胞白血病的男子进行了基因组测序，他的病情已经缓解了三年多。之所以选择他的基因组进行测序，是因为他具有该疾病典型的临床和分子特征，包括研究人员已经知道的两种与aml相关的突变。
“目前，对于这种特殊亚型的AML患者对治疗的反应，我们还没有充分的信息，所以他们中的大多数人在治疗前都会得到类似的治疗，”Ley说。“通过定义不同人群中导致AML的突变，我们希望确定哪些患者需要积极的治疗，比如干细胞移植，哪些可以用不那么强烈的治疗有效。”
估计的13,000例AML今年将在美国诊断出来，大约9,000人将死于该疾病。它最常发生在60岁或以上，并且随着患者年龄而难以治疗。AML成年人的五年生存率约为20％。
研究人员使用健康的皮肤细胞样品测序患者的基因组。这使科学家们为他们可以比较患者肿瘤细胞中的遗传改变，从而从患者获得化疗之前获得的患者肿瘤细胞中的遗传改变。
然后，科学家们在患者的癌症基因组和正常基因组之间寻找遗传差异——DNA中单个碱基的变化点、遗传物质片段的插入和缺失、基因拷贝数的变化和结构变化。
科学家们总共在患者的AML基因组中发现了大约750个突变。然而，仔细分析表明，绝大多数似乎是随机的、与疾病发展无关的背景突变。
通过进一步研究，它们定义了64项突变，对患者的癌症最重要的突变。在基因中发现了十二个蛋白质的代码，包括唯一只与胶质瘤相关的IDH1基因中的突变，并且长时间的DNA延伸，其根本不含有基因，但潜在地影响邻居基因表达。
“除了患者被众所周知的两种突变之外，在测序他的基因组之前，我们从未猜到任何这些突变 - 他们是一个巨大的惊喜，”主任博士博士说，理查德K.Wilson说道作者：王莹，华盛顿大学的基因组中心。“在蛋白质编码基因之外发现许多突变也强调了序列全基因组的需要，以找到癌症中发生的所有发生的突变。如果我们只查看具有已知或可疑的癌症的基因，那么错过了许多潜在相关的突变。“
研究人员还测试了来自AML患者的白血病细胞的187个另外的DNA样品，特别是任何64个突变。他们发现了15个样本中的IDH1突变，使其成为与AML相连的最常见的突变之一。基因组的非编码区中的另一个突变发生在一个其他患者中，这表明这是重要的研究人员。
“科学家们倾向于将它们的能量集中在基因组的蛋白质编码区域上，因为这是他们所知道和理解的基因组的一部分，”Mardis说。“但是，我们发现在熟悉的草皮外部的另一名患者中发现的突变是重要的，在该基因组的一个区域中并不完全理解的区域。”
对整个癌症基因组进行测序以找到所有突变因为最近的技术进步使得治疗癌症变得更快、更便宜，所以现在治疗癌症成为可能。目前的研究只花了几个月的时间，花费了大约50万美元，是第一次测序价格的三分之一癌症病人基因组不到一年前。
华盛顿大学的研究人员现在正在测序AML患者的其他基因组，并扩大了乳腺癌，肺癌和卵巢癌和胶质母细胞瘤的方法。
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