黑色素瘤转录组揭示了新的基因组改变以前没有见过

黑色素瘤，最致命的皮肤癌形式，每年折磨美国超过50,000人，发病率继续上升。在线发布的研究基因组研究，科学家比以往任何时候都更深入地进入黑色素瘤肿瘤的RNA世界，并确定了可能在疾病中发挥作用的基因组改变。

最新的高通量DNA测序技术开启了癌症基因组学发现的新时代，有望揭示疾病的分子机制。除了编目基因突变存在于肿瘤中，在RNA“转录组中的高通量测序的应用可以揭示DNA测序错过的其他基因组改变并鉴定治疗潜在靶标。

例如，两个相邻基因可以在单个“嵌合”RNA转录物中一起转录在一起。然后将该RNA消息转化为具有改变或新功能的蛋白质。此外，基因组的重排可以将基因切割和粘贴在一起，产生“基因融合”。这些事件发生在正常细胞中，但它们也有可能导致疾病。最近，这些改变已经检测到一些肿瘤类型，很可能在其他癌症中发现更多癌症黑色瘤。

为了捕获在美国和瑞士的研究人员中表达的黑素瘤表达基因中存在的全谱，使用RNA测序和结构进行了对黑色素瘤肿瘤的一致性分析基因组数据。该小组发现了11种新的基因融合，涉及几种常见的癌症相关基因，以及12例嵌合转录本。“这是有关黑色素瘤中这些类型的基因改变的第一个直接证据，”布罗德研究所(Broad Institute)的研究科学家、该报告的第一作者迈克尔·伯杰(Michael Berger)说。

特别有趣的发现是发现涉及复发性嵌合转录物CDK2基因，已知黑色素瘤细胞增殖所必需的。作者认为，该异常的功能作用CDK2成绩单是未来调查的有吸引力的目标。除了新型基因融合和嵌合转录物之外，研究组还鉴定了黑色素瘤肿瘤中的许多其他改变，包括新型突变，替代剪接变体和表达变化。

Berger指出，这种类型的癌症转录组分析非常有吸引力，因为它补充了常见的基于dna的基因组测序和表征方法，以获取更完整的癌症基因组图像。“这样的研究应该有助于揭示癌症RNA世界，”哈佛医学院/丹娜-法伯癌症研究所助理教授、该研究的第一作者Levi Garraway补充说，“从而提名许多与肿瘤生物学和药物发现相关的新基因靶点。”

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