全基因组关联研究需要更大的样本量

而全基因组协会(GWA)的研究已经确定了几个常见癌症的遗传风险因子,其预测能力是有限的小尺度效应,5月26日在网上发表的一项新研究显示美国国家癌症研究所杂志》上。

在过去的几年里,一些GWA研究报道大量的基因与疾病相关性与多种癌症。但有正在进行的讨论这些研究的鲁棒性和昂贵的技术用来揭示遗传关联。

调查所涉及的问题在这场辩论中,约翰·p·a·埃尼迪斯,正把医学博士部门的卫生和流行病学约阿尼纳大学的医学院在雅典,希腊和他的同事们从希腊和波士顿,综述了45 GWA研究,发表在2007年至2010年之间,国家人类基因组研究所中列出的目录。埃尼迪斯等识别所有与健壮的统计发现gene-cancer协会的支持。他们也使用这些数据在一个模拟世界中就有25000个人癌症类型来确定样本大小需要检测这些等位基因之间的关联和结肠直肠癌的风险,前列腺癌、睾丸和甲状腺癌。

作者能够收集92协会资格评价的研究。超过一半的这些开门前列腺癌,大肠癌乳腺癌。有稍微加快协会发现,与2007年发生在15日,25日50在2008年和2009年,在2010年初,另一个2。这种加速对癌症的出现主要是由于先前的发现。

大多数基因和各种癌症风险因素之间的关联是欧洲血统的人群,与69联系;16协会开门欧洲和其他人群,而7联系被确定为人口的亚洲血统。埃尼迪斯等人状态,“…可能会发现额外的位点进行GWA研究非欧洲血统组。”

作者得出结论,尽管GWA研究已经确定了几个基因位点,尤其是乳腺癌、前列腺癌和结肠癌,“这些位点的解释力来预测个体罹患癌症的风险是有限的…。”In other words, the average level of risk for associations identified by GWA studies, although statistically significant, is relatively small, even though other factors may increase the risk for any particular individual. Furthermore, they write: "Performing GWA studies using all currently available samples on common cancers would yield many more genetic loci, but almost all of them would also have small or very small effects."

在随后的社论中,David j .猎人,医学博士程序的分子和遗传流行病学,哈佛大学公共卫生学院的Stephen Chanock,医学博士癌症流行病学和遗传学部门的,在美国国家癌症研究所,写,可以说有更多的发现乳腺癌的危险因素预测在过去的三年里比过去三十年中,在很大程度上要归功于使用GWA发现。然而,猎人和Chanock指出困难挑战包括过渡到全基因组测序,从而确定风险因素在个体的基因组,并执行全基因组研究寻找罕见的基因变异,这就需要更大的样本量比常见变异的研究。猎人和Chanock还说,有必要结合预测或预测研究与尝试与个体遗传突变与疾病的因果关系。

“很明显,统计well-powered研究需要解决基因基因和基因-环境的相互作用,”亨特说。“未来几年承诺是一个激动人心的时刻对于癌症的遗传流行病学,即使他们有更多的整合,而不是过去三年的革命的味道。”