强大的工具梳子家族基因组，以找到导致疾病的共同变化

犹他大学（U of U）的科学家，德克萨斯州德克萨斯州和同事大学都开发了一个有力的工具，称为PVAAST，将联系分析与案例控制协会相结合，以帮助研究人员和临床医生识别疾病导致疾病突变家庭比以往更快，更准确地说。

一项研究表明自然生物技术研究人员描述了PVAAST（谱系变异注释，分析和搜索工具）在两个家庭中鉴定了一个具有单独疾病的突变以及12岁的人中唯一一个在他家中唯一一个遭受神秘和生命的危及危及肠道问题。

该研究的通讯作者、MD安德森癌症中心流行病学助理教授、美国大学人类遗传学博士后Chad Huff博士说:“传统上，连锁分析和病例控制关联被用于发现基因突变。”“将这些方法结合在一起，将大大增强发现导致疾病的基因变异的能力。”

出现基因组测序允许研究人员在个别患者的基因组中寻找疾病导致突变，更大的无关人群或小家庭。本研究中的研究人员认为，识别这些变体的最强大方式是通过测序家庭的基因组，这些家庭的体验异常高的特定疾病。通过鉴定家庭成员份额的基因变化，根据Mark Yandell，Ph.D.，Ph.D.，培训人员，可以鉴定导致疾病的基因中的突变。

Yandell说:“全基因组序列的问题是，对一个人的基因组进行测序以找到一个单一的致病基因是困难的。”“如果你能对整个家族进行测序，就能更全面地了解可能与疾病有关的序列和变异。”

人类在体内携带着每个基因的两个健康副本。但是基因突变会导致疾病或其他健康问题。这些突变是随机发生的，而且很少发生，但是一旦它们发生在家族成员身上，它们通常会遗传给后代。

pVAAST的目的是搜索家族测序的基因组，寻找共享突变，从而确定最有可能导致疾病的基因。与其他基因发现工具不同的是，pVAAST在搜索导致疾病的可能性最高的基因变异时，记录了与之相关的人。据Huff和Yandell称，pVAAST的一大优势是，它能够同时搜索患有同一疾病的多个家族，以发现突变;这就减少了寻找致病变种的时间和精力。例如，如果三个家族患有同一种疾病，两个家族可能有不同的突变破坏同一基因，而第三个家族可能有不同的受损基因。Yandell说:“pVAAST有能力在一次分析中确定所有这些家族中真正的致病突变。”

在相关工作中，Yandell, Huff和他们的同事通过开发另一种基因发现工具，Phevor(表现型驱动变异本体论重新排序工具)，极大地改进了个体和小家族测序的结果突变参与患有表型数据库的疾病和有关基因功能的信息。在做这个phevor和pvaast时，组合可以识别疾病基因比其他工具更高的精确度。

对患有相同疾病的不相关患者的基因组进行测序也提高了发现基因变异的能力，yandel和他的同事开发的第三种软件工具VAAST(变体注释、分析和搜索工具)极大地提高了发现基因变异的速度和精度。

如果VAAST或pVAAST不能识别最可能导致疾病的突变，Phevor可以从这些工具中获得结果，并将其与被称为“表现型”的患者疾病描述相结合，以找到最可能导致疾病的基因。

“我们希望在开发PVAAST方面，我们和其他研究人员可以通过增加家族基因组测序的统计力量来更快地识别影响疾病风险的遗传变异，”Huff说。

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