用于视网膜母细胞瘤的新型NextGen测序试验

儿童医院洛杉矶（CHLA）的研究人员已经为与视网膜母细胞瘤相关的基因开发了独特的下一代测序试验。新方法既综合，可以在较少的时间内进行，而不是现有的测试 - 从而开始早期发现癌症的遗传原因，这对于最佳治疗结果至关重要。

该测试是开发的，以满足Chla Vision中心的视网膜母瘤计划的需求，该中心是美国最大的临床计划之一，占全国视网膜母细胞瘤病例的约20％，每年看到多达50名新患者。Retinoblastoma - 一种早期儿童的恶性癌症，其在一个或两个眼睛中的未成熟视网膜细胞产生 - 可以在出生前的任何时间开始在大约七岁之前开始生长。在婴儿和儿童中，这种癌症的常见迹象包括在一个或两个眼睛的瞳孔中具有白色的“辉光”或“闪烁”，彩色照片中的白色瞳孔的存在，或交叉或未对齐的眼睛。

早期检测至关重要，因为当未经处理的情况下，视网膜母细胞瘤可能导致失明或死亡。在种系案例中，引起突变的疾病是在整个身体的细胞中存在，导致双眼中的肿瘤，以及整个身体的其他位置。所以，早期发现准确的诊断是决定最佳治疗方案的关键。

来自病理学和检验医学个性化医学中心的医生和科学家团队，与视觉中心的临床医生和外科医生合作，开发了基于深度DNA测序技术的CHLA视网膜母细胞瘤下一代测序面板(RB1 NextGen)，采用新的技术和生物信息学方法对整个RB1基因进行测序。

用于视网膜母细胞瘤的常规遗传测试通常涉及在该基因内对特定的热点测序，其中已知具有多种突变。当Chla研究人员出发开发自己的实验室衍生的测试时，他们采取了一个非常不同的方法，以便将整个基因从端到端序列。

“通常情况下，我们已经使用NextGen测序能力在相对较低的覆盖深度下对许多基因进行测序，”病理和检验医学系主任、FRCP医学博士Alexander Judkins解释说。“我们的团队采取了一种非常不同的方法，决定研究单个基因的深度覆盖，对整个基因进行测序，这在技术上是非常困难的。”

CHLA个体化医学中心主任Timothy Triche博士补充说，使用现有的NextGen视网膜母细胞瘤测序方法，有一些基因区域根本没有得到检查，可能会漏掉重要的数据。“新的数据告诉我们，非编码DNA极其重要。我们的方法的优势之一就是检查那些非编码领域。”

通过对全基因进行测序，研究人员能够看到RB基因的更频繁发生的种系突变。因为可以通过种系突变，所以在确定这些突变时，这种知识可以更好地为患者提供正确的治疗方法。

“我们曾经认为，如果孩子一只眼睛患有肿瘤而不是在另一只眼睛，那就是一种体细胞突变的结果。因为体细胞载体不会传递突变的基因，所以我们认为去除肿瘤停止癌症，“Chla的愿景中心主任汤姆李说。“但是现在我们知道，在具有明显躯体突变的儿童的10％至15％的百分比中，实际上携带种系突变，将它们面临在青春期或成年早期发展后续肿瘤的风险。“

Lee说，早期确定RB1种系突变存在的能力具有重要意义——不仅对视网膜母细胞瘤新患者的预后，而且对可能也有风险的兄弟姐妹，最终对患者自己的孩子，如果在视网膜母细胞瘤幸存者身上检测到种系突变，这种突变可能会遗传给后代。

随着治疗数百名视网膜细胞瘤的遗产，Chla现在还能够为疾病或其家庭成员以及其他癌症中心的患者提供这种独特和全面的筛查测试，以及其他癌症中心的患者。“我们认为，在出生后立即测试种系的兄弟姐妹和携带者的携带者，因为通过早期检测到基因突变可以挽救患者的愿景，”李说。

大约三分之二的视网膜母细胞瘤CHLA的患者有单侧RB病例，或仅一只眼睛的癌症。尽管只有15%的病例的种系突变检测呈阳性，医生必须对待所有患者，就好像癌症可能是双侧的，或存在于双眼，这种情况通常与种系突变有关。CHLA视网膜母细胞瘤项目主任Jonathan Kim医学博士说:“历史上，基因检测可能需要三到四个月的时间——当孩子的健康受到威胁时，这是一个很长的时间。”“更快地进行现场检测有可能显著改善所有患者的治疗结果。”

“这项测试使我们的研究人员能够更全面地查看RB1基因，”犹太人说。关于RB1的新基因组数据的集合将有望使基本研究人员能够将这种材料转化为生物学上有意义的见解，导致初前和复发性疾病的早期检测和新治疗。“

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