芝加哥大学建立基因组数据共享中心

芝加哥大学与国家癌症研究所合作，建立国家最全面的计算设施，储存和协调通过NCI资助的研究计划产生的癌症基因组数据。

NCI基因组数据共享中心(GDC)的建立将扩大全国科学家的访问权限，加快研究，进而加快患者的发现速度。GDC将为研究人员提供一个互动系统，使数据更易于使用;它还将提供资源，以促进查明癌症以及潜在的治疗靶点。

“基因组数据共享有可能在芝加哥大学医药部GDC项目和教授主任罗伯特格罗斯曼（Roberg Grossman）说，有可能改变癌症的研究。”“它提供数据，以便任何研究人员都可以从综合”大数据“研究中对单个肿瘤的遗传比较来测试他们的想法，以确定单身患者的最佳潜在疗法。”

NCI资助了一些收集的大型研究项目基因组数据在超过10,000名患者的肿瘤类型上。然而，这些研究的数据分散在不同的位置，并采用不同的格式，使研究人员进行分析的挑战。随着基因组测序技术继续发展和数据集变得越来越大，更复杂，这种情况会变得更加问题。According to an Institute of Medicine report, there is an urgent need for a system to store, harmonize and analyze existing cancer genomics data, which currently amounts to roughly 20 petabytes of information - 10 times as much as all of the publications currently housed in U.S. academic research libraries.

数据民主

为了应对这些挑战，GDC将提供一个可扩展的现代信息学框架，使用标准使原始和处理过的基因组数据更广泛地可访问。GDC将通过类似谷歌和Facebook等公司所使用的数据存储和分析方法来协调和集中现有的NCI数据集。GDC将消除一个主要的瓶颈，简化研究人员获取数据的流程，无论他们的机构规模或预算如何——有效地使获取材料的途径民主化。它还将使以前无法实现的科学家之间的合作成为可能。

芝加哥大学生物科学部基础科学系主任Conrad Gilliam博士说:“有了GDC，发现的步伐从缓慢的顺序转变为快速的平行。”“今天的发现过程需要多年的时间，数百万美元的资金，多个研究团队的协调可以在几天甚至几个小时内完成。”

GDC是为患者量身定制精准药物治疗的关键一步。一旦完全开发完成，它将为研究人员和临床医生提供一个互动系统，以上传他们的癌症基因组数据，并使用它来识别癌症的分子亚型和潜在的治疗靶点。基因数据将与来自患者及其对治疗的反应的广泛临床信息联系起来。

“高质量的基因组数据和相关的临床注释的可用性极为重要，因为这些信息可以反复组合和开采以进行新的发现，”NCI癌症基因组学中心主任Louis Staudt，Ph.D.。

云的基础

GDC还为未来基于云的技术奠定了基础，有朝一日研究人员将能够分析大规模数据集并远程进行实验。GDC正在开发的开源软件有可能成为其他疾病(如老年痴呆症和糖尿病)的数据密集型研究的典范，这些疾病迫切需要类似的大规模、数据驱动的方法来开发治疗方法。

NCI癌症基因组图谱(TCGA)项目办公室主任Jean Zenklusen M.S和Ph.D说道:“GDC是非常必要的。“目前的数据规模如此之大，只有那些拥有大型生物信息学核心的大型研究机构才能够利用海量数据遗传数据这是每天大排放的。NCI为GDC的目标是为所有调查人员生成假设并从数据中创建新发现的资源。“

GDC建立在Bionimbus保护数据云之上，这是一个由Grossman开发的基于云的试验系统，是第一个获得美国国家卫生研究院批准的保存来自TCGA等项目的癌症基因组数据的系统。

GDC将建立在多个年内，以确保个别项目可以组合以创建广泛有用和可访问的数据集，并告知可以出现的社交，道德和法律问题，因为数据集被广泛共享。

该GDC将在NCI的资助下建造和运营，该资助来自弗雷德里克国家癌症研究实验室的Leidos生物医学研究公司。ob欧宝直播nba安大略癌症研究所(Ontario Institute of Cancer Research)正通过与芝加哥大学(University of Chicago)的分包合同开发GDC的一些组件。

---

---