Tumor-only基因测序可能误导近一半的患者的癌症治疗
约翰霍普金斯大学的研究科学家强烈表明,肿瘤基因组测序基因变化的线索可能误导治疗相比,将近一半的病人,除非它是第一个遗传读出他们的非癌变组织。
约翰霍普金斯Kimmel癌症中心的研究者说他们分析超过800人癌症病人个人基因组的测序数据,生成诊断Inc .)共同创立的一家公司研究人员表明,没有这样的比较,试图有个性癌症治疗可能不合适的在某些情况下,病人可能会得到错误的靶向治疗。
一个工作报告刊登在4月16日的问题科学转化医学。
“越来越多的医院和公司开始序列为了病人的肿瘤个性化治疗。然而,很多人并没有测序每个人的正常组织过滤掉noncancer-related变化和真正理解什么是发生在肿瘤Victor Velculescu说,医学博士教授,博士,肿瘤学和病理学和癌症生物学联合项目在约翰·霍普金斯大学医学院的。
Velculescu解释说,个性化治疗越来越设计独特的目标基因变化驱动一个人的肿瘤取决于肿瘤基因组的准确评估,但并不是所有癌症的基因变化直接相关的癌症。他解释说,一些所谓的生殖系变化,这是遗传基因的变化在正常组织和因人而异的。
“我们都把我们的生殖系基因的变化。他们分别是什么让我们独特的一部分,“说Valsamo Anagnostou,医学博士临床研究员,博士,约翰霍普金斯大学医学院的,该研究的作者之一。只有通过比较个体的肿瘤的基因序列和他或她自己的正常细胞可以临床医生知道变化更有可能是癌症相关,治疗可能会工作。
治疗的决定是建立在错误的基因信息可能会影响“任何病人的基因组被测序现在可能成千上万的病人在不久的将来”的基因检测肿瘤变得越来越普遍,Anagnostou说。不准确的遗传信息从治疗不当可导致严重的副作用,缺乏有用的靶向治疗和增加病人护理的成本从错误的药物。
在这项研究中,Velculescu和他的同事们比较了肿瘤和正常组织的基因组从815年患者各种癌症,包括乳腺癌、大脑、肾、胃、肺、胰腺、血液癌症和黑色素瘤。
当研究者只看着中发现的基因改变病人的肿瘤和过滤掉最知名生殖系变化,他们数382种可能的肿瘤的变化。但在比较病人的生殖系肿瘤基因组他或她的基因组,他们认为,平均而言,249年的这些变化是病人的正常的一部分,遗传变异和没有肿瘤特异性。
Velculescu说,换句话说,65%的基因变化与tumor-only基因测序是“假阳性”,而不是与病人的癌症。
研究人员还看着“可操作的基因,基因变化的某种药物或癌症治疗已经被确认。当他们寻找这些变化仅在肿瘤,他们确定了每个病人平均2.4的变化。然而,他们发现,33%的这些变化也假阳性肿瘤基因组相比时病人的生殖系基因组。这些假阳性影响48%的患者进行了分析。
“在tumor-only分析,我们发现,近一半的患者肿瘤突变实际上是生殖系或假阳性可操作的基因,他们可能会导致不适当的治疗,”Velculescu说。
Velculescu和他的团队承认可能有挑战实现tumor-normal分析在临床设置。这些包括的额外的工作和成本测序和分析病人的正常组织以及他或她的肿瘤组织,但Velculescu说一些效率可能意识到通过使用病人的唾液,血液或正常组织活检或肿瘤切除时恢复。肿瘤基因测序的成本开始在几千美元,这将增加如果在正常组织的DNA测序完成。Velculescu还指出,医疗保险不能完全覆盖正常组织基因测序。解决病人隐私的担忧,当正常的基因组测序,Velculescu说,比较肿瘤和正常序列可以使用生殖系的变化作为一个过滤器设计没有确定这些生殖系的变化是什么,可能是他们的潜在的健康影响。
除了选择个性化治疗癌症患者,正常组织的基因组测序还可以增加患癌症的整体理解,由于生殖系基因的变化,包括发现癌症易感性Velculescu说。在这项研究中,生殖系分析确定癌症相关基因的变化在3%的患者没有已知遗传癌症的迹象。“这些分析可以帮助我们找到改变cancer-predisposing基因先前并不欣赏的方式,”他说。
