团队揭示难以检测的癌症突变

新的研究表明，目前的基因组分析方法系统错过了癌症患者肿瘤中某种复杂突变。此外，这些复杂突变中的显着百分比在众所周知的癌症基因中发现，这些癌症基因可以靶向现有的药物，可能扩大可能受益的癌症患者的数量。

从华盛顿大学医学院的St. Louis学院的研究将于12月14日在杂志中出现自然医学。

“未在患者肿瘤中捕捉有靶突变的想法是毁灭性的，”华盛顿大学麦克唐纳基因组研究所医学和助理主任兼助理主任博士说。“我们开发了一种用于查找一定类型的遗传错误的软件工具，这些工具一直持续错过癌症基因组研究。我们在关键癌症基因中鉴定了大量这些事件。发现此类事件的能力对于癌症研究和临床实践至关重要。“

基因组中的突变以各种方式发生。也许最简单的是DNA代码的单个“字母”的变化。在更复杂的突变中是那些涉及删除或插入几个字母的突变。在新的8,000例癌症病例的新研究中，调查人员专注于涉及在删除其他字母的同时插入的字母的突变。

“我们称这种类型的突变是一个复杂的indel，因为插入和删除是在同一时间发生的，在同一基因组位置，”丁说。“捕获此类事件是非常困难的，因为常规方法被设计用于同时捕获一个或另一个，而不是两种类型。”

为了找到复杂的indel，研究人员开发了专门的计算机软件，并验证了它们在目的介绍这些复杂突变的基因组序列中的准确性。

然后，研究人员看着已经测序的癌症基因组，并发现已知与癌症相关的基因中的285个复杂的吲哚。使用常规方法，在第一次分析中错过了大约81％的这些复杂的indel事件。另外18％被误认为是其他类型的突变。

丁强调开发特殊工具找到这些复杂的智商的重要性，因为数据表明它们几乎完全没有被现有工具未被发现，并且似乎比可以归因于随机的机会更常见的癌症基因。当已经有旨在反击突变效果的药物的基因中发现诱导，此信息特别有价值。

特别是，研究人员鉴定了基因EGFR中的复杂诱导，其涉及肺癌。如果在该基因中发现这种诱导，则丁和她的同事表明患者可能会受益于EFGR抑制剂，例如Erlotinib，无论肿瘤类型如何。调查人员还在称为试剂盒的基因中发现复杂的诱导，似乎在黑色素瘤中发挥作用。分析表明，套件中复杂的indels的患者将受益于伊马替尼，森林和索拉非尼（Sorafenib）的药物，该基因中的靶向突变。

新软件调查人员专门用于查找复杂的indels称为pindel-c。它建立在现有的软件顶部，该软件于2009年由学习的第一作者发表于2009年，Kai Ye，Phd，遗传学教授。这两个版本的软件都在线免费提供下载。

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