用一种新方法绘制了影响基因表达水平的基因组致病区域

A*STAR科学家报道，一种精确定位影响基因调控的DNA区域的新技术，为识别新的药物靶点和开发预测疾病风险的诊断方法奠定了基础。

“一旦你知道了真正的因果变异，就很容易把它和基因联系起来。新加坡基因组研究所的Shyam Prabhakar领导了这项工作，他说:“这是目前药物靶标识别中缺失的关键环节。”

在试图找到疾病的遗传基础时，研究人员经常扫描数千人基因组中的数十万标记，以寻找与某种特定健康问题相关的特定变异。然而，他们发现的基因关联很少是真正引发疾病的突变。被识别的变异通常只与DNA中真正的致病突变有关，现有的方法难以识别这些疾病的遗传驱动因素，尤其是因为突变通常位于调节区域，而不是编码基因本身。

Prabhakar和他的同事决定开发一种新的方法，重点关注与称为乙酰基的化学标志物相关的基因组的部分。这些化学标签会影响其缠绕在其包装蛋白周围的紧密DNA。Looser染色体意味着更多的基因表达。因此，乙酰化水平充当指示剂或调节信号，以表明附近基因的活性。

研究人员使用了一种名为ChIP-seq的方法，以一种新颖的方式来识别基因组中所有乙酰化区域的DNA突变——Prabhakar称之为“调节组测序”。他和他的团队创建了一个统计测试来关联乙酰化水平的差异(延伸开来，基因调控）基因组中的单字母差异。它们称为基因型无关的信号相关性和不平衡（G-SCI）测试。

通过分析来自57个细胞系的数据，所有来自人B细胞，一种涉及免疫的细胞类型，研究人员发现了与自身免疫疾病机制有关的数十种DNA变体。“我们的方法的美丽是它在一次拍摄的一切中，”Prabhakar说。“这是一个非常便宜和简单的方法。您不需要任何先前的信息。”

Prabhakar的小组现在正将同样的方法和G-SCI测试应用于死后的脑组织，以努力理解自闭症和精神分裂症等疾病。研究人员还在研究各种血细胞，以探究对传染性疾病易感性的基因。

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