一个算法加快从特定的基因突变预测有害影响

2001年,研究人员开发了一个公式,或者算法,预测是否一个特定的基因序列变化会导致不良影响。虽然很有用,但算法慢;支撑这些预测的计算使用多个中央处理单元(cpu)和大量的时间。现在* *的研究人员对该算法适应图形处理单元,一个专门的电子电路,可以并行处理大量的数据。

更快的计算时间允许团队扩大“预测数据库”从人类基因组包含超过200额外的生物。

相似点之间存在相同的基因不同的生物。即便如此,生物个体有差异部分基因组相比其他生物的物种。这些差异如何影响蛋白质功能和可能导致疾病。通过比较基因序列,研究人员能够确定致病基因突变。但这需要筛选大量的数据。

筛选(排序从宽容宽容)算法预测哪一个基因的变化——被称为变异可能影响该基因编码的蛋白质的功能。使用筛选,* *人员计算潜在可能发生的变化,人类基因序列编制预测数据库。研究人员提供筛选基因变异他们正在调查可能成为疾病的来源。筛选的变体在其数据库查找预测。预测有害的变异筛选突出显示,可能被认为是值得进一步研究。

编译筛选的数据库人类基因组涉及多个cpu上执行计算,历时约四分钟分析一个单一的基因序列。

“我想让更多的生物筛选数据库,但使人类数据库花了大量的时间,“系统生物学家保罗Ng说基因组研究所的新加坡。

筛选适合使用图形处理单元速度的预测。这允许团队扩大算法的预测范围覆盖200多个其他有机体。筛选4 g,更新的算法,只需要2.6秒来分析基因序列相比筛选的四分钟。

更新后的数据库和算法将不仅促进致病基因突变的识别,将帮助研究人员了解使一些动物品种或植物的遗传变异株更健壮的或容易疾病。