新的工具包揭示了新的癌症基因

在对12种人类癌症类型的2000多种肿瘤的分析中，一种新的统计模型使研究人员能够精确定位27种被认为可以预防癌症形成的新基因。这些发现可能有助于创造针对这些基因的新的癌症治疗方法，并开辟癌症研究的其他途径。

“使用这个强大的工具包，我们发现了罕见的肿瘤抑制基因当迷失在变异中细胞这篇论文的联合第一作者、弗朗西斯·克里克研究所(Francis Crick Institute)的研究员乔纳斯·迪穆拉米斯特(Jonas Demeulemeester)说。“这可能为癌症个性化治疗的发展铺平道路。”

该研究发表于自然通讯由弗朗西斯·克里克研究所和鲁汶大学的科学家领导，芝加哥大学和奥斯陆大学合作。

我们有两份肿瘤抑制器基因在我们所有的细胞中防止它们癌变。类似于自行车上的两套“刹车”，该基因的两个副本都需要丢失才能释放肿瘤形成的“刹车”。

这些双基因拷贝缺失可以为肿瘤抑制基因提供线索。然而，癌症样本通常包含健康细胞和癌细胞的比例未知，这使得很难确定是只有一个拷贝或两个拷贝的基因在癌细胞中丢失了。此外，很难区分肿瘤抑制基因的有害缺失和基因组中脆弱位点上其他基因的无害缺失。

该团队开发了计算工具来解决这些问题，并使用它们分析了包括乳腺癌、肺癌和肠癌在内的12种癌症类型的2218个肿瘤。通过测定每个样本中癌变细胞和健康细胞的相对比例，他们可以计算出癌细胞中每个基因的副本数量。这项分析揭示了在肿瘤发展过程中经常丢失的96个人类基因组区域。

分析还显示，有害的肿瘤抑制基因缺失与非有害基因缺失有着不同的“DNA足迹”，后者往往要小得多。这使得研究人员能够对96个缺失基因进行分类，揭示出16个先前已知的肿瘤抑制基因和27个新的基因。其中一些曾被怀疑导致了癌症的发展，而其他的则是全新的。

“我们的研究表明，通过对癌症样本中基因拷贝数的大规模分析，可以识别出罕见的肿瘤抑制基因，”该论文的资深作者、弗朗西斯·克里克研究所的组长彼得·范·卢(Peter Van Loo)说。

“癌症基因组学是一个不断发展的研究领域，我们使用的计算工具是发现与癌症有关的新基因的有力途径。”

这项研究中发现的新的候选肿瘤抑制基因可以由科学家在实验室中研究，以了解其作用机制，并试图找到药物靶点。

摘要“泛”癌症原发性肿瘤纯合子缺失的分析揭示了罕见的肿瘤抑制因子自然通讯。

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