在乳腺癌中移位蛋白质网络可能会改变基因功能

根据发表在《乳腺癌杂志》上的一项新研究，由于相互作用蛋白质网络的改变，一个特定的基因在乳腺癌细胞中可能比在健康细胞中发挥不同的功能PLOS计算生物学。

先前的研究表明，单个基因产生的蛋白质可能在细胞中具有不同的功能，这取决于它与哪些蛋白质相互作用。蛋白质的相互作用可以根据不同的环境而有所不同，例如在不同的组织或发育阶段。例如，果蝇的一个关键基因产生的一种蛋白质在果蝇的发育过程中起着两种不同的功能。

在这一概念上，马里兰大学的Sushant Patkar和同事假设乳房蛋白质相互作用网络的改变癌症细胞可能改变单个基因的功能。为了验证这一想法，他们分析了1047个乳腺癌肿瘤和110个健康乳腺组织样本的蛋白质表达，使用的数据来自癌症基因组图谱项目。

研究人员开发了一个计算框架来确定每个样本中蛋白质相互作用网络的结构，并推断哪些基因在这些网络中执行不同的细胞功能。然后，他们比较了在癌细胞中执行每种功能的基因的数量健康的细胞。

分析显示，癌细胞中的几种功能与癌细胞中的多或更少的基因相关，但不是因为这些基因表达的变化。相反，它们的功能由于其蛋白质交互网络的变化而改变。研究人员还表明，根据这些功能的转变，剖析患者的肿瘤组织作为预测其癌症亚型及其存活的有效方法。

Patkar说:“虽然一个基因失去或获得新的生物学功能是完全合理的，但这种变化的例子主要是在进化的背景下观察到的。”“我们已经开发了一种生物信息学方法，表明这种变化可能通过改变基因编码的蛋白质之间的相互作用发生。”

接下来，团队计划验证他们的计算框架作为评估其他生物背景中基因功能变化的工具，例如在其他疾病和组织中。

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