基因组分析强调了需要精密的儿科癌症疗法这一目标
与癌症研究人员确定,儿童和成人通常有不同的突变基因驾驶他们的疾病,这表明他们可能会受益于不同的治疗方法。合作研究的发现,圣裘德儿童研究医院,凸显了需要开发精密的儿科癌症药物。
研究以及同伴的一项研究由老板霍普儿童癌症中心的科学家们在NCT海德堡(北泽阀门)和德国癌症研究中心,海德堡,似乎是一种进步今天在线发表在《科学》杂志上自然。
背靠背的研究论文还提供最全面的分析基因组景观的童年癌症跨多个亚型。结果将有助于指导临床和实验室研究提高理解,全球儿童癌症患者的诊断和治疗,包括大约15780儿童和青少年在美国每年确诊
而不是集中在一个单一的肿瘤类型,生成的圣Jude-led研究评估数据成员的治疗研究适用于生成有效的治疗(目标)计划。这项研究的部分资金由美国国家癌症研究所(National Institutes of Health)。
科学家评估六个使用三种不同的癌症亚型,下一代测序方法。研究者对比体细胞遗传mutations-genomic变化发现在正常细胞和肿瘤细胞但不影响关键生物过程1699儿童癌症患者的肿瘤和正常组织。的方法,称为pan-cancer分析表明,只有45%的突变基因“驾驶”儿童癌症是一样的“驾驶”成人癌症的基因。
“这第一次表明,小儿和成人癌症经常与不同来自不同的基因突变,“说通讯作者历程,博士,圣裘德计算生物学部门的主席。第一作者小兔马博士和刘昱,博士,她实验室的成员。
“结果真的带回家的消息儿科癌症患者不是小大人及其疾病不应该被当作是这样,”张说。“更好的治疗和诊断测试需要了解更敏感生物学驾驶儿科癌症。这些结果为研究人员提供更好的路线图在实验室和诊所。”
对儿科癌症治疗的进步使治愈率优于80%,但癌症仍是疾病死亡的主要原因的美国孩子年龄1 - 19所示。治疗往往涉及重大终身的副作用,包括第二癌症的风险。
小儿癌症的基因组结构
分析包括病人参加儿童肿瘤协会的临床试验,临床研究合作。患者急性淋巴细胞白血病,B和t细胞;急性髓系白血病;骨癌骨肉瘤;肾癌称为肿瘤;神经母细胞瘤,交感神经系统的肿瘤。
与以前公布的成人pan-cancer分析主要集中在编码序列突变,圣裘德的团队分析了DNA复制和染色体重组的变化。全基因组测序的数据的完整DNA病人的肿瘤和正常组织。转录组测序也执行。提供细胞内基因表达的快照。分析还包括第一综合评价的定量和定性的表达突变体与野生型等位基因在多种癌症亚型。
美国国家癌症研究所提供的测序数据的目标计划。目标是理解背后的基因改变儿科癌症。程序的目的是使用数据的研究社区提高精度的肿瘤治疗小儿癌症。
在这项研究中,章子怡和她的同事们处理测序数据使用一个统一的分析框架。“寻找肿瘤类型有助于识别非常重要的突变儿科癌症和理解所涉及的途径,”她说。
基因改变显示
例如,分析发现意想不到的突变模式,或突变签名,689年8 b患者。病人的DNA突变签名符合暴露于紫外线,这是以前只在皮肤癌。病人也分享另一个基因组染色体abnormality-too太多或太少。“这一发现表明,暴露在紫外线可能是以前未识别的环境因素,增加一些儿童患白血病的风险,”合著者Ludmil说Alexandrov,博士,加州大学圣地亚哥分校。
此外,分析显示,而不是点突变的DNA,多数(62%)的突变驾驶儿科癌症是人类基因组变化和结构变化。人类基因组的改变让患者过多或过少的特定基因的副本。结构变化包括基因重组。“这表明,基因组学进入诊所,对儿科患者诊断测试必须包括人类基因组的变化和结构变化,”张说。
数据共享
章和其他几个圣裘德科学家也研究的合著者由德国癌症研究中心的调查员。研究包括全基因组和全外显子组数据从914年儿科癌症患者血液、中枢神经系统和实体肿瘤。测序数据来自st . Jude儿童研究Hospital-Washington大学儿科癌症基因组计划和其他来源。儿科癌症基因组项目,始于2010年,800多名儿童和青少年的基因组测序的最新和最难以治愈的皮肤癌症。
全世界的研究人员都可以探索体细胞突变数据用于小儿pan-cancer研究通过圣裘德互动ProteinPaint门户。信息,包括基因、基因突变和细胞通路潜在多种小儿癌症,是一个无与伦比的资源儿科癌症研究。目标计划体细胞变异分析中使用可用的NCI TARTGET数据矩阵,和测序数据可用NCI的基因组数据共享。
