快速分析突变和基因表达的平台为癌症生物学提供了有价值的见解

肿瘤可以含有显着的多样性，在它们含有的突变方面，即使相邻的细胞也可能很大。通过Say Li Kong和Axel Hillmer的新加坡的A *星级基因组研究所所开发的研究人员开发了一种通过在单个癌细胞中实现DNA和RNA中的DNA和RNA的有效分析来克服这种异质性的装置。

“对单个细胞的基因组和转录组同时测序是一种强有力的分析手段遗传变异它的影响基因表达,”香港解释道。这些数据能够更准确地评估肿瘤细胞在疾病进展过程中如何进化，以及获得对治疗的耐药性。然而，大多数DNA和RNA平行分析的策略过于复杂，一次只能筛选少量的细胞。

Kong和Hillmer开发了一个平台，他们称之为Cortad-SEQ，短暂的'并发评估RNA和靶向DNA测序'。在含有多个微型流体填充的腔室的芯片上进行大部分工作。在这些中，个人肿瘤细胞将它们的RNA和基因组DNA分离出来并准备测序。

作为一个示范，研究人员使用Cortad-SEQ研究了获得耐药性的实验模型。他们用吉替尼，常用的药物治疗培养的肺癌细胞系，并进行了在不同暴露持续时间后收集的预曝光细胞和细胞的比较分析。Cortad-SEQ使他们能够分析数千个基因并检测基因组突变在超过500个细胞中。这让我们对细胞如何获得吉非替尼耐药性有了有趣的了解。

研究的许多抗性细胞已获得称为T790M的突变，其在致吉替尼抗性肿瘤患者中常见。然而，仅当单独获得这种突变的孔似乎没有对基因表达产生重大影响。“我们的研究没有发现巨大的转录组差异细胞无论是否有T790M突变，”她补充说，这表明除了T790M突变外，其他突变或表观遗传学变化可能是产生完全耐药性的必要条件。

Kong现在正在评估CORTAD-seq在各种其他方面的性能肿瘤细胞类型，但也希望其他小组能借此机会自己测试这种方法。她说:“由于其简单、试剂成本适中、易于获取和良好的数据质量，CORTAD-seq有可能使广泛的研究人员受益。”

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