由计算生物学预测的黑色素瘤患者结果

沃尔特和伊丽莎霍尔研究所研究人员使用了计算生物学来发现“基因签名”，旨在识别一组黑素瘤患者，提高生存率。

通过观察一种被称为自然杀伤细胞(NK)的抗肿瘤免疫细胞中表达或“开启”的基因，细胞，研究人员能够集团耐心与转移性黑色素瘤通过他们在肿瘤中是高、中、低表达这些基因。平均而言，那些在黑素瘤中NK细胞基因表达水平较高的患者比那些在黑素瘤中NK细胞基因表达水平较低的患者存活的时间更长。

发现，发表在癌症免疫学研究，表明转移性黑色素中的NK细胞量是患者存活的关键因素。该研究还建议为黑色素瘤患者选择最佳疗法的新方法。

预测黑色素瘤结果

黑色素瘤是一种皮肤癌，是澳大利亚最常见的癌症，每年导致1000多人死亡。

黑色素瘤经常触发免疫应答，招募免疫细胞如NK细胞进入肿瘤，说，Fernando Souza-Fonseca-Guimaraes表示，与Joseph Cursons博士，Nick Huntington教授和Melissa Davis博士联合领导了这项研究。

Souza-Fonseca-Guimaraes博士说：“还表明，黑色素瘤的患者在它们内，其在它们内存的患者体内含量较大，因此，比肿瘤患者较低的那些，”Souza-Fonseca-Guimaraes说。“在一些患者中，抗黑色素瘤免疫反应也可以利用以治疗癌症，一种叫做免疫疗法的治疗形式，最近表现出了很大的承诺。“

Cursons博士说，通过它们独特的基因表达模式可以在黑色素瘤肿瘤中检测到天然杀手细胞。“使用称为RNA测序的技术，我们可以测量肿瘤内不同基因的相对比例 - 包括在NK细胞中接通的基因中的不同基因，”他说。

利用计算生物学，研究小组发现了一组20个NK细胞基因，它们在转移性黑色素瘤的样本中以不同的水平表达。“令人兴奋,这“NK基因签名'与这些患者的存活率相关：这些NK表达高表达水平的患者基因平均存活时间比那些基因特征低的患者要长，”Cursons博士说。

“这加强了NK细胞作为关键黑素瘤的免疫细胞的作用。​​”

改善黑素瘤治疗

戴维斯博士说，鉴定预测黑素瘤患者的存活率的基因签名可以开辟个性化素瘤治疗的新机会。

“新的免疫疗法药物已经存在临床使用她说:“这是一种非常有效的方法，而且其中很多都是通过增强免疫细胞的抗肿瘤作用来实现的。”“通过定量肿瘤中NK细胞浸润的水平，我们开发的NK基因特征可以帮助确定患者从免疫疗法中获益的可能性。”

NK基因签名也可以与预测患者结果的其他基因签名相结合，进一步改善了对黑色素瘤生物学和患者结果的理解。

“我们开发的另一个基因信号，通过TGF-β蛋白观察信号，确定了预后不佳的癌症患者。当我们评估TGF-β基因签名在年轻的黑色素瘤患者中，我们发现那些TGFβ低和NK基因签名高的患者有最好的生存结果，”戴维斯博士说。

虽然这项研究是临床前的，目前还不能用于预测患者的预后临床上该团队希望它能帮助开发和试验治疗转移性黑色素瘤的新方法。

“我们希望我们的研究提供了未来的理由黑素瘤临床试验通常包括基因表达的测量——一个被称为转录组学的领域——来区分不同的患者群体以及他们对现有疗法的反应程度，”Davis博士说。“这项工作确实强调了……的重要性计算生物学进一步了解我们对癌症生物学和患者结果的理解。“

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