临床分子数据的再分析产生了新的遗传诊断

贝勒医学院研究人员实施的基因组策略可有效提高未确诊疾病的分子诊断率。研究人员在新英格兰医学杂志重新分析已存在的分子数据，考虑到新的致病基因和自最初分析以来确认的其他遗传知识，导致了病例诊断率的增加，在重新分析队列之一中几乎增加了一倍。

为了方便费力和费时的再分析，同时仍然捕获大多数诊断，研究人员实现了一个计算管道，以帮助半自动化的过程。研究人员讨论了数据再分析的价值，为患者提供关于其病情原因的答案，在某些情况下，改变疾病管理和治疗。此外，由于需要很少的台架工作和过程是半自动的，这种重新分析工作的成本只是原始测试的一小部分。

“在2016年美国医学遗传学学院(American College of Medical Genetics)的会议上，我们的DNA诊断实验室率先报告了这种系统重新分析分子数据考虑到自原始分析以来发表的新遗传知识，增加了两名患者队列中的分子诊断率，“拜勒和临床研究实验室主任的分子和人类遗传学助理教授彭飞刘鹏飞刘博士说贝勒遗传学。“在这项工作中，我们通过重新展示了两位队列并开发了一个分析工具来确认并增加了我们的策略，并有效准确地加速了该过程。”

刘和他的同事重新分析了exome测序数据，这是指含有制备蛋白质的指示的人的基因组DNA的片段。分析这些碎片称为外显子允许研究人员在DNA序列中识别也称为变体的变化。引起疾病的许多突变发生在外显子中全外显子组测序被认为是一种有效的策略，以确定候选致病突变。

研究人员重新评估了两名患者队列的exame序列数据，考虑到原始分析日期和2017年12月之间发表的遗传知识。2012年最初分析了250名患者的第一个群组，2013年第二次患者。手动重新分析第一个队列的exome测序数据几乎加倍诊断产量 - 它从25％增加到47％。

“重新分析非常劳动密集，耗时耗时，促使我们设计一个有助于我们半自动化过程的计算管道，”刘说。“第一个队列的测序数据的排序数据与我们的计算管道达到92％的诊断敏感性。我们的参考是手动重新分析。”

研究人员随后应用计算管道重新分析了第二组2000名患者的数据，并将诊断率从25%提高到了37%。

“对于两个群组，大多数新的分子诊断由新发现的疾病基因-75％的疾病到第一个队列的诊断和64％来自第二个队列，”分子和人教授yaping yang博士说贝勒的遗传。“这强烈支持我们战略的价值。”

此外，Liu和同事将更新后的测序结果发送给队列中患者的相应医生。他们还要求从第一批患者的再分析产生了新的分子诊断的医生那里获得反馈。大约40%的医生做出了回应。他们报告说，75%的患者因最新发现接受了遗传咨询，其中大约一半的患者因新结果改变了他们的临床管理。那些没有接受关于更新结果的遗传咨询的患者已经搬家、死亡或没有继续他们的随访预约。

“我们的工作表明，定期的再分析可能会使患者，家人和照顾他们的医生受益，”贝勒霍普金斯中心的主要调查员的分子和人类遗传学教授詹姆斯·卢普·卢普·卢普·卢普·卢普斯基博士表示孟德尔基因组学与贝勒遗传学和基因组学研究生培训计划。“博士。刘，杨和同事提供了一个计算过程，证明了减少再分析中所涉及的工作负荷的可行性。我们希望其他遗传实验室，医生和耐心将受益于这一战略。”

---

---