科学家先驱的新方法发现癌症引起的细菌
东安格利亚大学的科学家们正在探索一种发现与癌症有关的细菌和病毒的新方法。
今天发表的新研究基因组生物学显示了如何基因组数据从肿瘤中采集的样本可以被测序，以揭示其他相关的细菌和病毒。
人们希望这项工作能够帮助检测致癌细菌，甚至有一天能够研发出更多像HPV疫苗这样的癌症疫苗。
来自东安格利亚大学诺维奇医学院的Dan Brewer博士是该项研究的首席研究员，他同时也是厄勒姆研究所的客座研究员。他说:“我们已经知道了一些感染和癌症之间的强烈联系。例如，消化道幽门螺杆菌的存在可导致胃溃疡，并与胃癌。
“同时，某些类型的HPV病毒可导致宫颈癌。
“随着我们进入基因组医学时代，人体组织越来越多地采用全基因组测序。
“当肿瘤样品是全基因组测序的时，来自存在的任何病原体的DNA也将被测序，使得可以检测和量化病原体。
“这给了我们一个梦幻般的机会，可以收集有助于我们在细菌和病毒和不同类型的癌症之间找到新的协会的数据。”
在对真实的癌症序列数据进行测试之前，研究团队制作了计算机模拟来测试多种方法，其中检测到一系列有趣的病原体。
研究生研究员亚伯拉罕·哈维伊，也来自UEA的诺威奇医学院，说：“已经有丰富的科学工具来分类来自他们的基因组序列数据的生物。这项新的研究看着涉及这一点的每个关键计算步骤人类组织测序数据。
“我们收集了将计算机脚本拼接在一起的最高执行工具，以适用于大量排序数据。
“我们过去计算机模拟然后用一些真实的癌症序列数据来测试我们的方法。
“在模拟中，我们制作了主要包含人类序列的‘模拟’基因组，并在其中加入少量的致病序列，这正是我们期望在癌症序列中看到的。
“因为我们确切地知道每种模拟中有哪些病原体以及它们的数量基因组，我们可以测试每种方法的表现如何。
“然后，我们在一些真正的癌症测序数据上测试了我们的方法，我们知道我们期望看到什么。
“除了发现已知的与癌症相关的病原体，我们还发现了更多。我们只是刚刚开始接触到这些其他的角色的表面病原体可能会在癌症的发展中发挥作用。“
Brewer博士补充说：“已经存在HPV疫苗，被认为是预防宫颈癌病例的约70％。我们希望通过鉴定与其他癌症相关的细菌和病毒，未来可以开发新的疫苗。”
进一步探索
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