通过广泛的肿瘤蛋白质分析揭示了新的潜在癌症球员
为了更深入地了解癌症，一个由贝勒医学院(Baylor College of Medicine)研究人员领导的团队对来自5个不同组织部位的500多种癌症的整个蛋白质组(称为蛋白质组)的相似性和差异性进行了广泛的计算分析。发表在杂志上自然通信这项研究将癌症分为10种亚型，每一种亚型都包含与这种疾病有关的共同蛋白质。
蛋白质组学分析证实了患有癌症的分子参与者，但重要的是，揭示了基于不同分子组分的先前分析中未出现的其他。研究结果表明，用于进一步研究其关于其患有癌症的进一步研究的新型分子途径。
“目前癌症目前不是一种疾病，而是作为一种疾病的集合。癌症可以通过不同分子途径的改变发展，并且在这项研究中，我们从分子分析技术应用数据来解决与癌症相关的蛋白质改变，“通讯作者Chad Creighton博士兼丹林医学院Dan L Duncan综合癌症中心副教授Chad Creighton博士乍得Creighton博士。
Creighton及其同事和其他组传统上通过分析mRNA而不是蛋白质数据来接近分子分析。信使RNA（mRNA）是实际转化为蛋白质的遗传物质。
“当观察mRNA数据时，我们假设它们代表了实际蛋白质水平上发生的事情，但事实并非总是如此，”Creighton说。例如，蛋白质在合成后可以被修饰，这是mRNA数据无法显示的。然而，大多数研究并没有获得蛋白质数据。在目前的研究中，我们分析了蛋白质数据，寻找之前mRNA数据分析可能遗漏的分子通路。”
Creighton和他的同事们利用来自临床蛋白质组肿瘤分析协会(CPTAC)的数据进行了研究，该协会对数百种癌症中的10000多种蛋白质进行了蛋白质组学分析。他们还检测了CPTAC以外的癌症蛋白和mRNA数据集。研究人员总共分析了500多种癌症的数据，这五种癌症分别是乳腺癌、结肠癌、卵巢癌、肾癌和子宫癌。
蛋白质分析揭示了癌症中的潜在新球员
分析蛋白质数据导致癌症分类为10个亚型，每个颗粒均具有不同的蛋白质改变。亚型包括共享共同改变的分子途径的多个器官组织部位。了解途径表明潜在的治疗机会。
“我们发现，许多亚型是基于我们之前对mRNA的观察而发现的蛋白质水平，“Creighton说。”有趣的是，这10个亚型中的四个实际上不涉及癌细胞。它们代表肿瘤微环境的差异，围绕肿瘤的细胞和组织，这些亚型彼此非常截然不同。“
四种亚型中的两个涉及与肿瘤微环境相关的免疫成分。第一种免疫亚型通过免疫T细胞的存在表征。另一方面，第二个免疫亚型突出了补体激活途径，这是肿瘤促进炎症思想发挥癌症启动和进展作用的重要组成部分。以前的研究似乎错过了与癌症亚型相关的补体途径。
另一个新的发现是发现在以前的基于mRNA的分析中尚未确定的三种亚型。
Creighton说:“我们发现的与这三种亚型相关的一些途径可能不常与人类癌症相关，但已经发现它们之间的联系。”“一种亚型涉及细胞的高尔基体。例如，有报道称高尔基体与恶性转化有关。另一种亚型是肾癌特有的，与血红蛋白增加有关。最后，第三种亚型涉及内质网，一种细胞内成分。”
研究人员希望这样的研究将阐明一些在这些途径中的一些途径，这些途径并不是很好地研究癌症并刺激进一步的研究，从而可能导致改进的治疗方法或新的治疗方法，从而使对治疗无效的患者受益。
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