Institut pasteur序列武汉冠状病毒的全基因组，2019年 - Ncov

2020年1月24日，法国卫生部确诊首批3例武汉冠状病毒感染病例。2020年1月29日，法国负责监测呼吸道病毒的巴斯德研究所(Institut Pasteur)对新型冠状病毒“2019-nCoV”的全基因组进行了测序，成为欧洲自疫情爆发以来首个对该病毒进行测序的机构。该病毒在巴斯德研究所微生物共同化平台(P2M)进行了测序，该平台对国家参考中心和世界卫生组织合作中心接收的细菌、病毒、真菌和寄生虫菌株进行基因组测序，以进行传染病监测。

2019年12月，在中国湖北省武汉市出现了未知病因的明显病毒性肺炎的爆发。

2020年1月9日，中国卫生当局和世界卫生组织（世卫组织）宣布发现一部新型冠状病毒，称为2019-NCOV，被证实为负责肺炎病例的代理人（见Institut Pasteur的事实表论法语中的“武汉冠状病病毒”。

在1月11日至12日的周末，中国当局分享了冠状病毒基因组的全序列，如来自第一个患者所采取的样品中。“测序病原体的基因组对特定诊断测试的发展至关重要，并识别潜在的治疗方案，”Institut Pasteur的呼吸道病毒主任Sylvie Van der Werf解释说明。

2020年1月24日星期五。检测法国确认的病毒

1月24日星期五，早上晚上，Institut Pasteur接受了三种疑似病例的样品（两名患者在巴黎和波尔多的两个患者）。“使用来自这些患者的样品，我们检测到新型冠状病毒，”Institut Pasteur的CNR副主任Sylvie Behillil说。

从2020年1月24日星期五开始。巴斯德研究所的病毒基因组测序

同一个星期五晚上，科学家们通过基于样品来测序病毒基因组的过程。CNR制备了用于测序的材料，准备好P2M立即开始工作。在周二傍晚完成测序运行，科学家们使用数据分析来获得法国前三个确认案件中的两种情况的全基因组的序列。“这证明了基于病毒测序的CNR分析过程的疗效，”继续vincent Enouf。

2020年1月30日星期四。Institut Pasteur获得并分享了病毒的整个序列

P2M平台（见下面的插图）目前以极高的级别执行;产生序列的平均时间从三天（紧急情况）范围为10天。在这种情况下，整个序列需要三天时间：“我们执行了数据分析从星期二到星期三的夜晚，随后将结果与反击分析有关，“vincent Enouf解释道。”整个序列在短短三天内得到确认。“

我们可以从中学到什么？“所有样品中序列都相同。这对夫妇的一个成员必须污染另一个，因为病毒是相同的。”在第一个法国案件中分离的两种病毒的两个完整序列被提交给共享所有流感数据（GISAID）平台的全球倡议，其中最初开发出序列并监测流感病毒的遗传演化，这是一种过程确定流感疫苗的组成至关重要。已经创建了一个特殊的“coronavirus”选项卡，以便科学界可以以更快的步伐共同努力和推进。

“全世界已经获得了大约20个新冠病毒基因组序列，如果我们将它们与我们的基因组序列进行比较，我们可以看到它们都非常接近;分析的病毒没有太多的多样性，这表明冠状病毒2019-nCoV不需要变异来适应和传播，”Vincent Enouf继续说。

巴黎巴斯德研究所国家呼吸道病毒参考中心(CNR)是世卫组织冠状病毒2019-nCoV参考实验室之一。

来自CNR和来自P2M测序平台的两人共有八人一直在研究病毒本周，将继续监测法国的疫情。

P2M，一个最先进的微生物互助平台，也向外部cnr开放

P2M也可用于外部CNR进行排序。2019年，它与四个基于Institut Pasteur的CNRS合作。平台序列细菌，病毒，寄生虫和真菌。由于过去五年来获得的经验（自2015年以来），今天P2M提供高效的服务，如一级成功率所示（即提供关于整个全面信息的高质量序列基因组2019年）超过95％。序列生产需要三天（对于紧急情况）和十天最多。

2019年，P2M对大约25000种病原体进行了测序。基因组测序提高了疫情检测的灵敏度阈值。巴斯德研究所的科学家对疫情的早期识别(同一病原体在短时间内聚集的病例)使流行病学家能够立即开始工作，以确定疫情的起源，并由当局协调公共卫生响应。

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