病毒DNA测序如何为下一代癌症疫苗打开大门
宫颈癌是仅有的几种可以通过疫苗预防的癌症之一。这是因为98%的子宫颈癌病例是由人类乳头瘤病毒(HPV)引起的，这种病毒会在人类细胞的基因组中植入DNA，导致细胞癌变。
HPV疫苗可以通过以下方式预防感染这种病毒最常见的两种类型这可以防止它致癌。在英国，这种疫苗被常规接种给13岁及以上的少女，并减少了女性的宫颈癌前病变71%自2008年以来。
但研究也表明估计20% - -40%的人类癌症,包括颈部，肝脏，鼻咽而且胃和膀胱癌症也是由细菌和病毒引起的。更多地了解哪些细菌和病毒会导致癌症——以及它们的作用——可以改变癌症的治疗方法癌症患者，并可能导致其他癌症预防疫苗的开发。
我们发现
有史以来第一次，我们的团队显示了哪些病毒存在于多种癌症的细胞中。我们的团队使用组织样本的大型数据库2600个基因组和38种不同的肿瘤类型．来自癌症患者的这些组织的DNA已被测序，显示样本中既存在细胞，也存在任何细菌或病毒。
在分析了整个癌症基因组后，我们在356名癌症患者中发现了23种不同病毒类型的痕迹。检测到的四种最常见的病毒是巴尔病毒，乙型肝炎病毒，人类疱疹病毒6B,人乳头状瘤病毒．总共有13%的样本在取样时有病毒存在的证据。我们在更多的肿瘤中发现了比预期更多的病毒痕迹，这表明使用疫苗预防癌症可能是一种比之前认为的更广泛的解决方案。
我们不仅能够确认哪些病毒会导致肿瘤生长，还发现它们在我们没有预料到的癌症类型中很常见。我们找到了基因组巴尔病毒(一种疱疹病毒)在我们调查的5.5%的癌症基因组中。该病毒已知会导致淋巴瘤、胃癌和鼻咽癌，但我们也在其他类型的癌症中看到它，如肝癌、胰腺癌、结肠癌、前列腺癌和皮肤癌。
我们发现乙型肝炎病毒DNA我们调查了330例肝癌中的62例。我们还发现了人类乳头瘤病毒最常见的是HPV16- 20例宫颈癌中有19例，57例头颈部肿瘤中有18例。我们的研究发现，在肿瘤中发现的病毒痕迹比早期研究发现的多得多。我们的研究结果也意味着我们可以排除一些病毒和癌症之间的联系，包括腺病毒而且摘要杆状这些物质之前被怀疑会导致肿瘤。
我们还了解了更多关于病毒鼓励癌细胞生长的方法。例如，在一些含有HPV和Epstein-Barr病毒的肿瘤中，我们发现通常在DNA中看到的变化(会导致癌症生长)实际上没有出现。这使我们相信，病毒的存在提供了一些驱动癌症本身所需的特征，例如阻止有缺陷的细胞杀死自己，并鼓励它们快速繁殖形成肿瘤。
我们还发现，在宫颈癌、膀胱癌或头颈癌肿瘤中存在的病毒会导致基因组的变化模式，从而导致人类细胞中DNA损伤修复机制的缺陷。当DNA中的缺陷得不到修复时，就会导致肿瘤发展得更快。研究人员还发现，病毒会复制或删除人类细胞DNA的部分，从而导致癌症。
另一个有趣的发现是如果高水平的内源性逆转录病毒ERV1是在患有肾癌的病人身上发现的，他们的癌症可能会比肾癌中没有这种病毒的病人进展得更快细胞病毒水平高的患者中约有45%在10年内死亡，而没有病毒的患者10年存活率约为95%。这有助于指导医生为患者选择最佳治疗方案。例如，如果这个病毒如果检测到，可能会考虑更激进的治疗，如副作用更大的化疗，而不是仅仅通过定期诊断检查和临床预约密切监测肿瘤(主动监测)。
这是第一次系统地研究由病毒引起的大多数癌症类型。了解感染和癌症类型之间的联系可能会导致像HPV疫苗这样的新疫苗，这可能会减少艾滋病对全球的影响癌症．
