人工智能科学家开发追踪COVID-19病毒基因结构变化的平台
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COVID-19病毒在人际传播过程中不断变化。为了今天对抗这种病毒,并为它明天可能出现的情况做好准备,研究人员需要能够跟踪它的发展。
由Peter Munk心脏中心人工智能(AI)负责人Wang Bo博士领导的医疗专业团队设计了一种创新工具,使研究人员能够追踪SARS-CoV-2基因结构的变化病毒导致了COVID-19全球大流行的发生。
COVID-19基因分型工具(CGT)是由王博士的博士生哈桑·马恩(Hassaan Maan)与麦克马斯特大学(McMaster University)和桑尼布鲁克健康科学中心(Sunnybrook Health Sciences Centre)的同事共同开发的,它提供了一个在线、用户友好的平台,研究人员可以在这个平台上将他们医院的SARS-CoV-2病毒的基因组序列与全球图景进行比较。
在CGT开发之前,对病毒的分析可能需要一个星期。现在,使用人工智能驱动的平台,这个分析需要几分钟。
通过跟踪这些变化,研究人员可以更多地了解病毒是如何移动和进化的,这对疫苗设计以及我们共同抗击COVID-19的努力。
利用2万多名COVID-19患者的鼻拭子样本,将病毒基因组序列上传到共享所有流感数据全球倡议COVID-19数据库。然后,CGT将个别医院的病毒序列与从世界各地获得的病毒样本进行比较。研究结果为研究人员提供了关于传播事件可能发生在何处、何时爆发的见解,最重要的是,提醒他们病毒基因组成的任何关键变化,这决定了它的传染性。
“作为人工智能研究人员,我们习惯于与之合作大数据王博士说。他还担任加拿大向量研究所人工智能高级研究所的主席,以及多伦多大学医学院的助理教授。
“全球研究界已经真正接受了COVID-19大流行期间的数据共享倡议;我们的目标是设计一个工具来帮助理解它。”
在准备应对第二波病毒传播时,CGT尤其有用,因为第二波病毒传播往往比第一波更致命。通过跟踪SARS-CoV-2病毒的突变,CGT正在帮助研究人员准备应对可能影响疾病严重程度、疫苗影响和病毒传播能力的变化。
王博士实验室的博士生哈桑·马恩(Hassaan Maan)说:“随着病毒在世界各地传播,它一路上会产生微小的突变。”“我们希望在出现不同毒株的SARS-CoV-2时对这些突变进行监测。”
分析速度和数据量是应用程序的特征。该平台可以快速处理用户上传的数据,并提供对基因组进化的即时洞察,在不到15分钟的时间内产生结果。
该工具被特意设计成开源的,因为全球范围内的访问将帮助研究人员和医疗保健专业人员尽快结束这场大流行。王博士和他的团队的资金来源于捐赠者的慷慨支持。
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