抗生素耐药性的基因监测在菲律宾建立

抗生素耐药性监测在菲律宾已经进入基因组时代,使更好的跟踪危险的细菌。研究基因组病原体监测中心(本金保证产品位于威康桑格研究所和大数据研究所(BDI),牛津大学),和菲律宾热带医学研究所(RITM),建立当地的DNA测序和分析耐药细菌在菲律宾。这种基因能力增强了正在进行的国家感染控制包括跟踪抗生素耐药性传播的最后防线,并确定耐药感染在医院婴儿单元,帮助控制疫情。

报道自然通讯本周,本研究显示当地基因组测序在国家的力量在低收入和监测网络中等收入国家,可以扩展到其他地方解决抗菌素耐药性的全球挑战。

抗菌素耐药性(AMR)是一个全球性的健康问题,与电阻常用抗生素在世界所有地区。这意味着它可以极难治疗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌等细菌疾病、结核病和淋病,提出任何手术的风险。

AMR的监测是至关重要的理解和试图阻止它的传播,和DNA测序可以确定耐药机制和揭示传播模式。然而,基因组在低收入和中等收入国家监控不常见(研究组长,由AMR预测是受影响最严重的。

菲律宾有一个非常良好的抗菌素耐药性监测项目在菲律宾卫生部,它使用以实验室为基础的方法来跟踪抗菌素耐药性。2018年研究人员帮助建立了一个DNA测序工具在这个建立在菲律宾当地基因组监测能力。这包括建立当地的能力在基因组学和数据解释通过共享培训。

样本测序在菲律宾来自20多个网站,专注于细菌抵抗抗生素的最后防线,并被世界卫生组织列为首要任务病原体发展的新的抗生素。团队共同分析数据,建立系统发育树显示菌株是如何彼此相关,并发现了一些高风险的克隆。

结合基因的发现与流行病学数据允许研究人员确定菌株在特定的位置。在一个医院他们发现了一群相同应变的克雷白氏肺炎新生儿重症监护室,和透露,这是在医院内的传播。这些证据使医院感染控制来支撑他们的团队,控制潜在的未来爆发。

西莉亚卡洛斯博士联合领导的项目从热带医学研究所,菲律宾,说:“在菲律宾有30多年经验的研发实验室的方法,跟踪AMR,抗菌素耐药性监测项目。现在,与我们的合作伙伴在英国,我们建立了当地的能力和专长以全基因组测序在菲律宾,添加基因监测这些其他方法。这是帮助我们识别新兴耐药菌株的速度快得多,所以我们可以了解到发生了什么事,预防传播的AMR和拯救生命。”

西尔维亚Argimon博士,第一作者在纸上基因组中心的病原体监测说:“这个项目不仅帮助建立基因组基础设施在菲律宾,但也使英国团队之间的密切合作和菲律宾。这包括研究人员之间的互访和培训转移所有权的测序,分析和理解团队在菲律宾,并确保每个人都理解的足智多谋和挑战哨兵网站。”

基因组监视允许团队来描述药物-耐药细菌基因的菌株,使阻力,以及这些基因是如何之间传输的细菌。通过基因组学菲律宾现在有一个更大的透镜AMR在地方、国家和国际范围内,允许以前困难级别的数据分析。数据共享与菲律宾公共卫生机构和世界卫生组织通知本地和全球的理解carbapenam耐药性的传播。

教授大卫•Aanensen中心主任基因组病原体监测和联合领导这个项目,说:“了解国家动态抗菌素耐药性是重要的在世界上每个国家为了防止扩散至全球,和新技术和工具,提高这种能力是必需的。菲律宾的工作团队在全国建立基因组学监测网络是采用的范例,可以扩展到解决抗菌素耐药性的全球挑战或其他感染。”

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