CHOP研究人员的新模型识别了五种儿童癌症的非编码突变

费城儿童医院(CHOP)的研究人员开发了一种新的计算算法，该算法首次确定了人类基因组非编码部分的突变谱，涉及五种主要的儿童癌症。这项研究今天发表在科学的进步该公司利用该算法分析了500多名儿童癌症患者的基因突变和基因表达谱，得出了一份潜在致癌突变的全面清单。

“非编码基因突变非常重要,因为基因组的非编码部分通常调节基因是如何开启和关闭的,就像一个控制开关,已影响到不受控制的增长发生在癌症,”凯Tan说,博士,儿科教授剁碎,这项研究的资深作者。ob体育开户网址“然而，这些区域也具有挑战性，我们对它们的认识不如编码区域发达。”我们的计算模型已经确定了儿童癌症的一系列目标，我们希望进一步研究并最终转向临床实践。”

研究人员开发了一种名为PANGEA(非编码基因组增强子/启动子改变的预测分析)的计算工具，以分析500多名患有五种主要儿童癌症的儿童癌症患者的非编码突变及其对基因表达的影响:B细胞急性淋巴母细胞白血病(B- all)、急性髓系白血病(AML)、神经母细胞瘤、肾母细胞瘤和骨肉瘤。泛大陆识别出所有与之相关的突变基因表达变化,包括单核苷酸变异，小的插入，拷贝数变化，以及结构变异。

以往对非编码突变的研究主要集中在单核苷酸变异和小indels，即基因组中长度相对较短的碱基的插入或缺失。然而，结构变异是DNA中更大的区域——1千碱基或更大——这使得它们更难识别，但也更有可能导致导致癌症的基因调控变化。

通过使用泛大陆，研究人员发现结构变异确实是潜在致癌突变的最常见原因，并确定了1137个结构变异，它们影响了五种儿童癌症类型中超过2000个基因的表达。

在分析数据时，研究人员发现，编码和非编码突变影响不同的基因组和路径，这可能是由于这两种基因的基因组位置不同。研究人员发现，与新陈代谢有关的基因——其重新布线是癌症的一个标志——更频繁地受到非编码突变的影响。然而，在研究人员研究的五种癌症类型中，非编码突变在多大程度上促进了新陈代谢重组尚不清楚。

“我们的研究结果强调了对编码和非编码突变进行比较分析的必要性，这可能会揭示新的突变癌症相关的基因以及路径，”谭说。“标识的突变是一个起点，将促进实验工作，以验证这些预测。”

---

---