基因组测序作为独立的新生儿筛选工具缩短

随着基因组测序技术的兴起，健康技术公司向父母们承诺，他们可以检测到新生儿罕见的代谢紊乱，这些新生儿尽管外表健康，但可能需要立即治疗。

现在,来自旧金山加州大学的科学家,加州大学伯克利分校和塔塔咨询服务公司提供的第一个综合评估排序如何与其年龄筛查技术,串联质谱分析(MS / MS),加州使用分析血液斑点在出生时对于罕见疾病,称为先天性代谢缺陷。他们发现，当单独使用时，测序出现短缺，遗漏了一些疾病婴儿，同时标记出许多健康的细胞，进行不必要的后续检测。但测序在看起来可疑但未被MS/MS清楚识别的病例中仍然有用。

加州大学旧金山分校的儿科学教授、该研究的联合高级作者珍妮弗·帕克医学博士说:“关于新生儿普遍测序的宣传已经很多了。”该研究于2020年8月10日发表于《科学》杂志ob体育开户网址自然医学。“但测序是健康的关键的说法是在没有严格研究支持的情况下做出的。”

准确性是至关重要的新生儿筛查。如果错过了病例，严重的婴儿将没有及时治疗需要紧急关注的疾病，例如苯丙酮尿（PKU），这在未经处理时导致认知障碍。但是，参考健康的专家护理婴儿是浪费的，并通过不必要的压力来放置家庭。

这项研究使用了一种叫做全外显子组测序的技术来寻找78个已知与这48个基因有关的基因突变代谢紊乱筛选每个加利福尼亚新生儿。这些疾病很少，影响加利福尼亚州每年估计的一百万百万百万婴儿的约150岁，当婴儿出生时没有迹象，他们将生病。

由于筛查是针对无症状的个体，在这种情况下是新生儿，这与将测序作为诊断辅助手段用于已经发现的医疗问题患者是非常不同的。

“所有先前序列效用的先前研究已经开始患者已经在医生前面 - 换句话说，一个有问题的患者，”帕克说。“你从手中的一个线索开始，一个具有特殊困难的人，你试图看看是否存在潜在的基因原因。当你切换到筛选模式时，你没有任何线索。大多数新生儿看完美健康。“

先天代谢紊乱提供了一个独特的机会来衡量全外显子组测序的表现，因为它可以与加利福尼亚州成熟的新生儿筛查项目相比较，后者从2005年起就开始使用MS/MS。这些疾病已经得到了充分的研究，已知它们是由一组有限的基因的变化引起的，其中大多数已经被确定。因此，当他们开始这项研究时，该团队曾预期测序技术可能比国家的MS/MS筛选方法做得更好。

该州目前的方法是从婴儿血液中寻找出问题的线索。研究小组发现，婴儿出生时采集并储存的干血点，可以用于多年后的DNA分析。这项研究提供了几乎所有出生在加州的婴儿的综合视角，包括在2005年7月至2013年12月期间出生的近450万婴儿中的1334名。

该团队发现标准的MS / MS筛选发现了99％的婴儿具有代谢障碍，假阳性率仅为0.2％。但全面的序列只发现了88％，缺少了大约160个加州婴儿的160个，他们最终被诊断出了代谢障碍，而每年则错误地识别约8,000名婴儿，因为需要通过代谢疾病专家进行紧急评估。

科学家们表示，测序方法的缺陷可能有几个原因。

第一作者Aashish Adhikari博士是加州大学旧金山分校人类遗传学研究所和加州大学伯克利分校植物和微生物生物学系的成员，他说:“这些都是单基因条件下的研究，但这并不意味着我们已经发现了所有与之相关的基因。”“可能有更多的基因参与，以及更多的生物和环境因素可能限制我们仅从DNA序列预测疾病的能力。”

另一个问题是，这些疾病非常罕见，科学家还没有很多序列来研究。此外，加州新生儿的遗传背景非常多样化，有许多变异以前从未被分析过，因为之前的研究强调的是北欧血统的人。为了分析这些新变种并预测它们的影响，该团队必须开发一个特殊的计算管道。

但是，如果全外显子组测序作为一种独立的初级筛查的用途有限，该研究表明，在MS/MS显示出某些可能出错，但医生不确定是什么出错的情况下，它仍然可以用来做出明确的诊断。此外，测序可能还有助于识别新生儿是否患有目前筛查方法无法发现的可治疗疾病。

“如果当前的质谱分析测试结果不明确，测序可能会揭示一种基因变体，解决这个谜题，”斯蒂芬·布伦纳博士说，他是加州大学伯克利分校的教授，加州大学旧金山分校人类遗传学研究所的成员，也是这项研究的资深合著者。“对其他经过仔细检查的疾病进行测序，可以及时治疗一些儿童的疾病，这些疾病目前尚未被发现，但要进行最佳干预为时已晚。”

---

---