新工具可轻松，有效的疾病跟踪

一个新的开源，基于云的工具称为Idseq可以快速检测，识别和跟踪新兴的病原体，如SARS-COV-2。它可以在有可用的完整基因组序列之前鉴定病原体，因此可以用于目前的传染病爆发和新兴疾病。开发商在期刊上发表了相关文章傻桥

冠状病毒大流行发表了全球传染病监测的重要性。发现传染病爆发的原因是挑战性，特别是如果它源于先前未知的病原体。Idseq，一个开源，基于云的Metagenomic分析平台，识别新颖和现有的疾病病原体来自人，动物或寄生虫样品，提供了一个可行的报告，就世界任何地方的实验室和诊所正在地面正在发生的情况下。

“Idseq可以被认为是新兴或新型传染病的预警雷达，”Chan Zuckerberg Biohub的共同主席乔德里斯博士说。他为2003年的SARS Coronavirus造成了贡献，他在加州大学旧金山的研究实验室启动了Idseq工具。它旨在使全球卫生界能够利用在基本上任何样品中跟踪和鉴定传染病的追踪和识别传染病的不断降低成本。

“在Coronavirus大流行的开始时，柬埔寨的研究人员使用Idseq在几天内，在加利福尼亚州的第一个Covid-19中的整个基因组的帮助确认和序列，我们提供了批判的SARS-COV-2基因组数据向公共卫生官员提供通知联系跟踪和干预策略，“德利斯说。

在他们的研究中，科学家使用各种方法来证明IDSeq工具可以可靠地识别出新兴的病原体，作为原则证明，柬埔寨的Covid-19患者的鼻拭子。Chan Zuckerberg Biohub，Chan Zuckerberg倡议（CZI）之间的伙伴关系，并使研究人员能够在几天内排序并确认该国的第一个Covid-19案例 - 而不是通常可能的周数拿。结果表明，IDSeq可以在存在完整参考基因组之前检测出现出新的病原体的存在。Idseq现在还包含一个用于构建SARS-COV-2共识基因组的新工作流程。

“代理序列测序（MNGS）是一种令人难以置信的病原体检测工具，因为它具有高度敏感和无假设的性质，”CZI的计算生物学家Katrina Kalantar说。“我们看到使用Idseq的实验室为现有的MNGS研究迅速将他们的重点迅速枢转到更具针对性的SARS-COV-2测序，这有助于研究人员更好地了解冠状病毒传输模式。”

在柬埔寨，研究人员将基因组序列上传到开源病原体数据储存库全球倡议，用于分享所有流感数据和下一个流感数据。使用系统，科学家可以看到全部基因组序列SARS-COV-2冠状病毒并在全球上传的SARS-COV-2冠状病毒序列的更广泛的背景下研究。柬埔寨国家寄生虫学中心研究人员，昆虫学和疟疾控制（CNM）和国家过敏和传染病研究所（NIAID）与Institut Pasteur Cambodia合作完成这项研究。

与特定于已知剂的测试不同，例如SARS-COV-2 PCR试验，MNG是可以检测新的疾病导致病原体的通用方法，这在研究人员可能不知道发生什么的情况下可能特别有用感染或在特定区域循环的病原体。MNGS实验开始于来自患者样品的群众扩增DNA痕迹，导致数百万小的DNA序列或读数。然后必须使用生物信息技术分析和解释该巨大的数据集。目的是通过利用序列数据库的知识将单个DNA片段分配给特定病原体。

分析来自典型的MNGS实验的大量数据通常需要电池的专用生物信息工具，包括高度专业化的专业知识和昂贵的商业许可软件制造MNGS难以访问的方法。新用户友好的Idseq软件是开源并自由地提供给全球卫生界，减少进入偏心神经的屏障。研究人员可以通过基于云的服务和设计用于协作和数据共享的Web应用程序来重用和构建。管道从原始测序数据开始作为输入，然后通过过滤，质量控制，对齐和报告和可视化的步骤。

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