研究人员利用基因组学重建了圣保罗的黄热病疫情
黄热病病毒通常局限于亚马逊地区，但该病毒在2016年至2018年期间在巴西东南部传播，造成了几十年来最严重的流行病和动物流行病爆发。2016年12月至2019年6月期间，巴西卫生部确认了2251例人类黄热病病例和1567例猴子黄热病病例。
根据发表在杂志上的一项研究PLOS病原体在东南地区人口最多的São Paulo州，这一时期发生的三次流行病/动物流行病浪潮是由不同的病毒谱系引起的。在第一波(2016年7月至2017年1月)，病毒从北部进入该州，可能来自邻近的米纳斯吉拉斯州，主要在São José do里约热内卢Preto和Ribeirão Preto等城市传播。第二波(2017年2月至6月)更为猛烈，从Poços de Caldas与米纳斯吉拉斯州边境一直冲刷到坎皮纳斯。在第三波(2017年7月至2018年2月)通报的病例数量最多。在到达São Paulo市后，病毒向南传播到Ribeira河谷地区，在那里它发现了人口密集、疫苗接种率低的城市，成为一个主要的公共卫生问题。
由FAPESP支持的一个国际研究小组在杂志上报道的这些发现是基于基因组分析从疫区收集的蚊子和死于该病的猴子身上提取的51种病毒分离物。该材料由流行病监测中心(CVE)——São保罗州卫生部的一个机构——发送给阿道夫·卢茨研究所(IAL)——São保罗州的公共卫生中央实验室。
“根据中国病例的地理和时间分布非人灵长类动物,在系统发育分析[研究突变的病毒基因组导致了新的谱系的出现]和系统地理学分析[研究决定不同谱系的地理分布的过程]，有可能查明病毒何时进入São保罗州，它传播的速度和方式，以及它传播的各个方面，”IAL的研究员、文章的主要作者之一Renato de Souza告诉Agência FAPESP。
Souza解释说，多亏了MinION基因测序技术的使用，才有可能对流行病进行如此详细的描述。该平台便携、快速、廉价，允许在案件发生地点实时监测案件。
该策略于2016年在巴西首次用于跟踪寨卡病毒在美洲的传播。最近，它帮助巴西-英国虫媒病毒发现、诊断、基因组学和流行病学中心(CADDE)的研究人员跟踪了巴西COVID-19的进展。该项目由São Paulo大学的研究员Ester Sabino和英国牛津大学的Nuno Faria领导，并得到了FAPESP、英国医学研究委员会和牛顿基金的支持。ob欧宝直播nba
偶然的主机
黄热病病毒在亚马逊地区永久传播，偶尔遇到有利条件使其逃逸。Souza解释说，要做到这一点，一群病媒蚊子必须与一群密度足够大的野生灵长类动物接触，从而维持一段时间的传播链。
“这种扩张不是永久性的，”他说。“病毒最终会失去在相关环境中传播的能力，只有在重新引入时才会返回。2016年至2018年，流通面积扩大到前所未有的程度。病毒传播的条件正合适。它在Serra da Mantiqueira [São Paulo州的森林地区]感染了野生灵长类动物，并到达São Paulo市郊区的大型动物园附近的一个地区。这种情况可能会在几年后再次发生，只要这些地方的灵长类动物数量有足够的增长。”
Souza说，从流行病学角度来说，这一时期爆发了丛林黄热病。虽然在人类之间有许多病例，但传播仅发生在该地区以外城市环境通过树栖蚊子如血蚊和沙蚊传播。
“在这种情况下，人类接触是意外的。人类对自然环境和森林的不断渗透是促成因素之一，”他说，并补充说，如果通过埃及伊蚊建立了一个城市传播链，这种疾病的发病率将会高得多，达到登革热疫情的水平。
他说:“问题是森林传播结构越来越接近城市地区，增加了病毒传入城市环境的风险。”
跟踪病原体在猴子群体中的传播被认为是一种有效的流行病学监测策略，因为它有助于早期识别高风险地区和规划疫苗接种运动等控制策略。
“仅基于对人类病例监测的监测战略只能检测到20%的感染者，这是症状的比例，因此漏报的情况总是很严重。在猴子中，有90%的物种会出现症状并死于该病。监测这些动物可以确定疾病为病毒正开始传播，并及时实施作战计划，”索萨说。
