关键病人见解理解COVID-19及其突变的缺失的环节
一项新的研究由澳大利亚国家科学机构CSIRO发现当前条目GISAID的95.5%,是世界上最大的新型冠状病毒基因组数据库,不包含有关病人方法关键难题的理解病毒,以及它是如何发展的。
研究人员利用这一发现开发了一个标准化的数据收集模板,可以实现在像GISAID仓库,没有识别病人和临床团队治疗病人更容易分享更多的知识。
这使得科学界访问重要信息包括症状、疫苗状态和旅行历史和在这一过程中建立一个更完整的图片COVID-19在每个病人的影响。
SARS-CoV-2,病毒导致COVID-19,是史上最测序病毒之一,约有200000序列GISAID截至2020年11月14日。
过去的100000病毒的序列是上传过去两个月,全球记录。
这项研究中,一个与GISAID和其他学术伙伴合作,提出了一种标准化的数据收集方法来帮助世界各地的科学家和临床医生收集和对抗COVID-19分享重要信息。
CSIRO研究员和博士论文的资深作者S.S. Vasan说,收集病人的旅程的关键在尽可能多的细节了解病毒进化对疾病的影响及其后果。
“我们迫切需要消除识别信息与这些病毒基因组序列相关的病人数据为了破译疾病结果是否由于突变,或多个突变,病毒或宿主因素如年龄,性别,并发症,“Vasan博士说。
“很有可能这些信息是已知的临床团队治疗病人,但不使其公共存储库如GISAID,由于步骤的数量。”
认识到这需要临床数据,GISAID强制字段的“病人”地位自2020年4月27日上传病毒序列。
然而,研究显示缺乏收集临床信息的数字基础设施阻碍了进步。
它还确定需要标准化词汇和连接在一起的机制卫生系统为获取必要的信息的关键因素。
作者采用和CSIRO研究员丹尼斯·鲍尔博士说这项研究提出的数据收集模板,共享未来序列通过GISAID倡议可能含有更多的有意义的去除了识别信息的患者信息。
“我们已经确定了在临床医疗数据采集周期的步骤和工作流数据驱动可能有最大的影响的了解这种病毒,”鲍尔博士说。
“后快速医疗可互操作的资源实现指南,我们引入了一种基于本体的标准问卷符合世界卫生组织的建议。”
Barwon健康的传染病主任教授尤金·收听欢迎新数据收集模板。
“Barwon健康长期的生物,主要是研究COVID-19生理和心理的影响,与澳大利亚迪肯大学合作,我们打算实现这个机制,数据收集和报告,“收听教授说。
“简化和标准化的方法来分享有关病人信息与基因组序列将使关键COVID-19研究和比较不同的研究和人口集。
“我鼓励世界各地的医生和科学家分享,只要有可能,去除了识别信息的病人信息和临床结果使用这个模板支持正在进行的研究工作。”
论文的可互操作的医疗数据:缺失的环节对于理解COVID必经19”发表在《跨界和新兴疾病杂志。
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