Coronavirus新变种：基因组学研究员答案关键问题
SARS-CoV-2的一种新变种，即导致COVID-19的病毒，被认为是导致该疾病在英国部分地区传播增加的原因。政府已经将包括伦敦在内的一些地区纳入了新的，更严格的冠状病毒的限制,被称为层4。第4层领域的人们将无法与家庭以外的任何人聚集在圣诞节之外，而该国其他地方的人只能聚集在圣诞节。
鲍里斯约翰逊，总理和他的首席科学顾问表示，新的变体可以将Covid-19传输增加到70％，并增加R或繁殖数量0.4。
这个新发现的意义是什么?“对话”栏目询问了微生物基因组学研究人员、病原体进化专家露西·范·多普(Lucy van Dorp)一些关键问题，关于我们目前已知的知识。
我们对这个新变种了解了什么？
新的英国变体，称为Vui-202012/01或谱系B.1.1.7卫生大臣马特·汉考克于12月14日首次宣布了这一消息。后来得到了公共卫生英格兰和英国的Covid-19测序联盟。通过SARS-COV-2的数据库进行筛选，第一个样本在9月20日在肯特县采集。
该变异携带14个定义突变，包括7个峰值蛋白质是一种介导病毒进入人体细胞的蛋白质。与全球流通的许多变体相比，这是一个相对较大的数量的变化。
到目前为止，这种变异的基因图谱(或基因组)大部分已经测序并在英国共享，但也包括丹麦的一些病例和澳大利亚的两个病例。也有报道称荷兰。这些国家都具有非常大的基因组测序努力，这些观察结果不可能反映这种病毒的这种变体的真正分布，这可能在其他地方未被发现。我们将更多地知道更多的基因组和共享更多。
在英国，由于数据共享、基因组监测和COVID-19检测结果的努力，这种变体现在似乎开始主导现有病毒，可能是该国部分地区病例比例不断上升的原因。特别是在病例数量迅速增加的地区。
MK LHL检测数据显示阳性检测数据中H69/V70变异患病率增加，这是由常用的3基因PCR检测偶然发现的。pic.twitter.com/1U0pVR9Bhs
——托尼·考克斯(@The_Soup_Dragon)2020年12月19日
在这些案例中，脱吊的原因和效果总是很困难。例如，在某些突变的外观上增加可能是由于携带它们频率上升的病毒谱系，因为它们发生在传输高的区域中，例如由于人类活动或干预选择的选择。
虽然这仍然是一种可能性，但到目前为止对这种变体有足够的观察结果，以认证非常仔细的表征，监测和干预抑制传播。
是不是更危险?
克里斯·威蒂他明确表示，迄今为止没有证据表明这种变异会改变疾病的严重程度，无论是在死亡率方面还是在感染者的COVID-19病例的严重程度方面。对此的确认工作正在进行中。
病毒突变如何发生？
突变是病毒进化的自然组成部分。在SARS-CoV-2的情况下，这些突变可能是由于病毒复制过程中的随机错误而产生的诱发通过被感染者体内的抗病毒蛋白，或通过基因重组。尽管重组的迹象是目前未在SARS-CoV-2中检测到。
大多数病毒突变预计不会产生影响。例如，当我们的团队评估了流感第一波流行中超过5万个基因组的个体突变替换时，我们没有发现任何显著的改变病毒健身-病毒生存和繁殖的能力
然而，每种突变通常是一个突变，或者在这种情况下，突变的特定组合，可能会迅速击中并提供病毒一个新的优势。携带这些突变组合的病毒可以通过给予正确的流行病学环境，通过自然选择增加频率。
这种变体从何而来?
现在，我们还不知道。到目前为止，科学家们还没有发现任何密切相关的病毒来支持这种变体是从国外引进的理论。观察到的突变模式更支持一种延长的自适应演变根据目前的数据，最有可能是在英国。
相似的突变模式对这些人来说观察到的在SARS-COV-2的演变中免疫系统较弱的慢性感染患者。目前的假设是，这种情况下的慢性感染，在一个患者，可能发挥了作用这种变体的起源。这将继续调查。
我们发现了多少种SARS-CoV-2变种?
SARS-CoV-2有数千种不同的谱系，平均差异是只有少量的特定突变。目前在全球流通的SARS-CoV-2的基因组多样性仍然是事实。然而，在不同谱系中携带的突变的微妙之处可能对重建传播模式。
例如，在大流行早期工作使用谱系分配，以识别至少一千SARS-CoV-2进入英国。
为什么这个不同呢?
值得注意的是，定义英国变异的许多突变在SARS-CoV-2大流行之前甚至有时在大流行的相当早期就已观察到。
然而，英国的变种，或血统，是由一个不寻常的数量和突变组合定义的。N501Y是其中一种突变之前被证明增加病毒与细胞中的受体。N501Y于2020年4月在巴西的病毒中排序，目前也与SARS-COV-2变体相关联在南非的发病率也在上升- B.1.1.7的独立血统也值得关注。
B.1.1.7的穗蛋白中鉴定的特定缺失出现在多个其他谱系中病毒频率越来越高，在慢性感染中也可以观察到它们可能发生变化抗原性-免疫抗体的识别。这些缺失也可能与结合区其他突变有关新冠病毒穗蛋白，包括在感染中观察到的蛋白质养殖水貂一种突变在其中起了作用这种病毒逃避人体免疫系统的能力。B.1.1.7也含有一个截短的ORF8基因，该区域的缺失先前与减少疾病的严重程度。
这些突变和缺失的功能效果，特别是在B.1.1.7中报道的组合时仍然被确定。突变次数和该特定变体的初期增加，以及一些突变候选者的生物学相关性，强调了对深入研究的需求。
这对疫苗意味着什么?
目前我们还不知道。尽管我们应该放心，疫苗会刺激对整个刺突蛋白的广泛抗体反应，因此预计它们的有效性不会受到以下因素的显著影响突变。这是已经被测试了。
然而，越来越多的证据表明，其他种类的季节性冠状病毒表现出一定的感染能力逃避免疫超过较长的时间段。
因此，可以想象的是，我们可能需要像对流感疫苗一样，更新我们的COVID-19疫苗，以反映当时流通中的变异。现在说是否会是这样还为时过早，但广泛的基因组测序、数据共享和变异的标准化报告将对这些努力起到至关重要的作用。
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