利用基因组流行病学准确追踪英国COVID-19传播链

由牛津和爱丁堡大学的研究人员领导的科学家团队分析了英国Covid-19疫情的第一波，并产生了迄今为止的任何疫情传播的最细微和全面的基因组分析。

他们的分析涉及> 50K病毒基因组序列-26K，它通过Covid-19基因组学英国（COG-UK）联盟 - 提供了从开始以来的起源和行为的洞察中的永久性洞察力大流行。

全文发表于科学揭示病毒在2020年初将病毒融入英国千万次，并且引入的速度和来源变化了很快。在此期间，从西班牙（33％），法国（29％）引入最多的传输链数，然后意大利（12％） - 中国占进口的0.4％。该研究表明英国国家锁定如何影响各个传输链。

来自牛津的动物学系和牛津马丁学校的奥利弗·普博斯教授奥利弗·普博斯（Oliver Pybus），“本研究表明，可以通过时间和空间准确地追踪单个病毒传输谱系。每周进行分析基因组追踪可以成为公共卫生监测的关键组成部分。“

结果向英国的第二波发生的事情提供了一个至关重要的背景，该团队有助于确定英国迅速发展的新变种（已被称为B.1.1.7）。科学家们表示，新的变体的行为与第一波谱系的新变异行为的详细比较对于理解为什么B.1.1.7现在正在迅速传播。

在2020年3月封锁之前，高旅行量和很少的国际入境限制导致>1000可识别的英国传播谱系的建立和共存，共同促进了流行病加速增长，迅速超过了国家追踪接触者的能力。

Pybus教授说:“通过重建COVID-19传入英国的地点和时间，我们可以看到，早期的旅行和隔离干预可能有助于降低英国第一波病例的加速和强度。”

该小组预计，其他国家也出现了类似的趋势，有相当大的流行病和较高的国际旅行量。

虽然英国国家锁模恰逢进口有限，但区域减少血统多样性，它对血统灭绝的影响是依赖的，这意味着最大，最广泛的谱系持续到夏天。

SARS-COV-2传输的过分分散性质可能有利于更大，更广泛的谱系的更大的存活率，更快地消除低流行区域，突出了快速或先发制人的干预在减少传输方面的重要性。

幸存的谱系在秋冬2020年促进了英国持续流行病的程度，包括目前正在调查血统增长率对血统增长率的特定突变的影响。

本研究首次对传播结构和动态进行了测量，为今后在区域、国家和国际范围内规划和评估公共卫生行动提供了一个新的背景。

牛津大学动物学系的路易斯·杜立石(Louis du Plessis)博士是该研究的主要作者之一，他说:“我们的研究为研究单个流行病提供了无与伦比的视角。”英国每周都会公开大量的病毒遗传数据如果你没有这种水平的监控你就不会知道病毒进化的真实情况传输。"

联合主导作者，Verity Hill，Ph.D.基于爱丁堡大学的研究员表示，“这种连续性，国家协调的基因组测序不仅允许我们存在的高分辨率分析，而且还有助于其他国家将其基因组数据放入背景下，并协助全球大流行反应。”

通过决定在四月基于Covid-19基因组学英国（Cog-UK）联盟的决定并将几十年的蓝天基础研究建立在牛津，由牛津推出的大量的蓝天基础研究（Cogid-UK）联盟提供了大规模的基因组监测的能力。和爱丁堡大学，发展了导致科学家拥有这些工具和理论的理论。

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