基因组数据库缺乏多样性可能会影响少数群体的治疗选择

根据梅奥诊所发表在《美国医学杂志》上的一项新研究，公共基因组数据库中少数族裔群体的低代表性可能会影响黑人癌症患者的治疗选择npj精密肿瘤学。

研究人员研究了基因组数据库的使用，发现与白人患者相比，肿瘤突变负担在黑人患者中显着膨胀。

该研究的结果是，使用公共基因组数据库的临床医生需要意识到肿瘤突变负荷值膨胀的可能性，以及这可能如何影响治疗选择和结果，特别是对代表性不足的患者。

临床医生使用疾病或病症的指标的生物标志物，以确定患者是否可能受益于免疫疗法，一种用于治疗癌症的治疗方法。其中一个生物标志物是肿瘤突变负担，数量突变在肿瘤中普通细胞。在计算肿瘤突变负荷时，大多数情况下不使用正常细胞，而使用突变基因组数据库或算法来过滤结果。

研究团队收集了701名患者的数据，该患者被新诊断出多种骨髓瘤，其中包括575名自我报告的白色患者和126名自我报告的黑人患者。团队分析了患者的DNA肿瘤细胞和健康的细胞确定差异。团队配对肿瘤和种系exome测序数据，分析了两个DNA源之间的差异。然后他们使用公共数据库来过滤来自肿瘤测序数据的突变变体。

“目前，FDA已经批准了每兆基团的10多个突变的阈值，以选择患者接受免疫疗法，”燕··曼恩说，博士，梅奥诊所生物诊断和第一作者的研究。

免疫检查点抑制剂的免疫疗法（一种阻断蛋白质称为检查点的药物）有助于身体识别和攻击癌细胞，并大大改善了许多类型的癌症的患者存活。然而，由于具有这些抑制剂的自身免疫毒性可能是严重的，因此具有准确的肿瘤突变负担作为生物标志物至关重要，以改善预测患者最佳治疗的能力。通过计算患者肿瘤DNA的变化次数来确定肿瘤突变负担。

“当你没有来自患者正常细胞的DNA时，确定肿瘤突变负担变得困难，”亚伦·曼斯菲尔德(Aaron Mansfield)医学博士说，他是梅奥诊所的医学肿瘤学家，也是论文的通讯作者。“因此，参考基因组被用来与肿瘤进行比较，以估计负担。”

根据曼斯菲尔德博士与患者打交道的经验，他担心这种确定肿瘤突变负担的方法是不准确的，尤其是在参考基因组数据库中没有很好代表祖先背景的患者中。

“在个体患者的水平上，我们的研究结果表明，当我们序列肿瘤时，术语术博士说，序列序列的序列常规组织也很重要。”“在研究界的水平，我们需要继续改善参考基因组数据库中不同祖先背景的患者的代表性。”

根据Mansfield博士的说法，准确的肿瘤突变负担在目前治疗的癌症中尤为重要免疫抑制剂检查站包括乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠癌、头颈部癌、肝癌、肺癌、肾细胞癌、胃癌和直肠癌，以及霍奇金淋巴瘤、黑色素瘤和其他实体癌肿瘤无法修复DNA复制过程中的错误。

“需要认识到的是，我们在多发性骨髓瘤患者中进行了这项原则性研究。然而，发现的种族差异肿瘤变异负担“通货膨胀可能适用于所有类型的癌症，”曼斯菲尔德博士说。

基因组研究中缺乏不同背景的代表性是众所周知的。超过60,000人基因分型和测序，只有8.6％的是非洲血统，而54.9％的是非芬兰欧洲祖先。

曼斯菲尔德博士说:“世界各地的许多研究人员都在寻找方法，以提高选择接受免疫治疗的患者的能力。”“我们用一种方法发现了问题，并提出了解决方案。”

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