如何发现南非Covid-19变体
新型冠状病毒的变种正在世界各地出现,其中许多正在以惊人的速度传播。一种传染性变异是南非变异,或SA,由一个国际研究团队确定,包括来自加州大学河滨分校的生物医学科学家。
“新的Covid-19变体是下一个新的边疆,”UC河畔医学院的生物医学科学教授Adam Godzik说,发现了发现的研究团队成员。“其中,SA和巴西菌株最令人担忧。它们具有使其耐抗体的突变,使我们用现有疫苗产生抗体。通常相信我们处于紧张的比赛中:除非我们迅速接种人民,否则粉碎大流行,新的变体将占主导地位,这一点是我们的Covid-19疫苗都是无效的。“
两年前加入了他的实验室的博士和阿尔吉望Alisoltani-dehkordi,通过使用计算机模拟提供其尖刺蛋白质结构,帮助表征了新的SA变体。
研究结果今天发表在自然。
在她加入UCR之前是南非大都会镇大学的博士后研究员,提到了南非夸祖鲁 - 纳塔尔大学和开普敦大学的研究团队发现了新的谱系或变体-Of SARS-COV-2,导致Covid-19的病毒,来自10月15日至11月25日之间的样品,在三个南非省份。截至11月初,这种变体迅速成为两省样本中的主要变种。
“每一个SARS-CoV-2变种都有特定的突变来定义它,”Alisoltani-Dehkordi说。“Godzik教授和我使用计算机建模提出了SA谱系中突刺蛋白突变可能的结构和功能后果。我们的分析也得到了其他几个研究小组的证实,我们的分析显示,一些突变可能导致病毒的传播性更高,免疫反应更弱。”
在包括美国的至少40个国家,已检测到SA变体。
Godzik说:“这种变异可能在尚未测序的地区传播,因此无法识别。”“在美国,测序仍然是一个缓慢的过程。在美国的很多地方,包括河滨,我们没有任何关于变异的信息。”
对SA变体的初步研究表明它可能对抗体耐药,这可以降低疫苗的功效。
戈德齐克说:“从那时起,它就引起了高度的兴趣。”“随后的研究证实它对疫苗有抗药性,并且正在传播。然而,南非在通过隔离和其他措施控制病毒变异方面做得很好。”
所有新出现的SARS-COV-2在英国,南非,巴西和加利福尼亚州的关注变体都表现出普遍的突变签名。但这些变体中的每一个也具有一组独特的突变。例如,SA和巴西变体分别在穗蛋白K417N和E484K上具有两个独特的突变。
Alisoltani-Dehkordi说:“我们的初步发现表明,一些突增突变可能与SA变异的传播能力增加有关。”“然而,这一新谱系中spike和其他基因组突变的全部意义还有待确定。”需要强调的是,我们没有足够的证据证实SA系与其他系相比有更高的疾病进展、严重程度或死亡率。但与野生型相比,SA谱系和其他最近出现的谱系的高传播性和不寻常的差异,对系统监测SARS-CoV-2毒株和在它们演变为疫情之前早期发现变异产生了很高的需求。”
戈德齐克解释说,不存在单一的COVID-19病毒。相反,一群不断进化的病毒存在着。变体也会进化,也会获得突变而且随时可能发生病毒逃逸。
“很难说只有一个SA变体,”他说。“理解这一点的一种方法是想象这个变体是树的主要分支,这具有许多较小的分支。这些较小的一些可能比其他人增长并承担更多的重要性。这种动态过程很难预测。”
Godzik预测Covid-19将是我们生活中的不断存在,就像流感一样。
“开发流感需要六个月了疫苗“他说。”模型预测流感病毒和疫苗的演变是在变体出现之前产生的。如果预测是好的,则疫苗工作。如果他们错过了,则遵循浓重的流感季节。这就是Covid-19可能表现的方式。将投入大量努力预测次年将发生的情况,然后将更新疫苗,人们需要获得助推器。“
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