如何发现南非Covid-19变体
![Positions of the mutations identified in the new SA variant shown in red on the structure of the SARS-CoV-2 spike protein (PDB: 7a94). N-terminal domain and receptor binding domain of the spike are shown in shades of blue and green respectively. The remaining part of the spike protein and human ACE2 receptor are in grey and black, respectively. Credit: Godzik lab, UC Riverside. 如何发现南非Covid-19变体](https://scx1.b-cdn.net/csz/news/800a/2021/howthesoutha.jpg)
新型冠状病毒的变种正在世界各地出现,其中许多正在以惊人的速度传播。一种传染性变异是南非变异,或SA,由一个国际研究团队确定,包括来自加州大学河滨分校的生物医学科学家。
“新的Covid-19变体是下一个新的边疆,”UC河畔医学院的生物医学科学教授Adam Godzik说,发现了发现的研究团队成员。“其中,SA和巴西菌株最令人担忧。它们具有使其耐抗体的突变,使我们用现有疫苗产生抗体。通常相信我们处于紧张的比赛中:除非我们迅速接种人民,否则粉碎大流行,新的变体将占主导地位,这一点是我们的Covid-19疫苗都是无效的。“
两年前加入了他的实验室的博士和阿尔吉望Alisoltani-dehkordi,通过使用计算机模拟提供其尖刺蛋白质结构,帮助表征了新的SA变体。
研究结果今天发表在自然。
在她加入UCR之前是南非大都会镇大学的博士后研究员,提到了南非夸祖鲁 - 纳塔尔大学和开普敦大学的研究团队发现了新的谱系或变体-Of SARS-COV-2,导致Covid-19的病毒,来自10月15日至11月25日之间的样品,在三个南非省份。截至11月初,这种变体迅速成为两省样本中的主要变种。
“每一个SARS-CoV-2变种都有特定的突变来定义它,”Alisoltani-Dehkordi说。“Godzik教授和我使用计算机建模提出了SA谱系中突刺蛋白突变可能的结构和功能后果。我们的分析也得到了其他几个研究小组的证实,我们的分析显示,一些突变可能导致病毒的传播性更高,免疫反应更弱。”
在包括美国的至少40个国家,已检测到SA变体。
Godzik说:“这种变异可能在尚未测序的地区传播,因此无法识别。”“在美国,测序仍然是一个缓慢的过程。在美国的很多地方,包括河滨,我们没有任何关于变异的信息。”
对SA变体的初步研究表明它可能对抗体耐药,这可以降低疫苗的功效。
戈德齐克说:“从那时起,它就引起了高度的兴趣。”“随后的研究证实它对疫苗有抗药性,并且正在传播。然而,南非在通过隔离和其他措施控制病毒变异方面做得很好。”
所有新出现的SARS-COV-2在英国,南非,巴西和加利福尼亚州的关注变体都表现出普遍的突变签名。但这些变体中的每一个也具有一组独特的突变。例如,SA和巴西变体分别在穗蛋白K417N和E484K上具有两个独特的突变。
Alisoltani-Dehkordi说:“我们的初步发现表明,一些突增突变可能与SA变异的传播能力增加有关。”“然而,这一新谱系中spike和其他基因组突变的全部意义还有待确定。”需要强调的是,我们没有足够的证据证实SA系与其他系相比有更高的疾病进展、严重程度或死亡率。但与野生型相比,SA谱系和其他最近出现的谱系的高传播性和不寻常的差异,对系统监测SARS-CoV-2毒株和在它们演变为疫情之前早期发现变异产生了很高的需求。”
戈德齐克解释说,不存在单一的COVID-19病毒。相反,一群不断进化的病毒存在着。变体也会进化,也会获得突变而且随时可能发生病毒逃逸。
“很难说只有一个SA变体,”他说。“理解这一点的一种方法是想象这个变体是树的主要分支,这具有许多较小的分支。这些较小的一些可能比其他人增长并承担更多的重要性。这种动态过程很难预测。”
Godzik预测Covid-19将是我们生活中的不断存在,就像流感一样。
“开发流感需要六个月了疫苗“他说。”模型预测流感病毒和疫苗的演变是在变体出现之前产生的。如果预测是好的,则疫苗工作。如果他们错过了,则遵循浓重的流感季节。这就是Covid-19可能表现的方式。将投入大量努力预测次年将发生的情况,然后将更新疫苗,人们需要获得助推器。“
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