在休斯顿地区追踪到的所有冠状病毒变种的显著传播

2020年底，全球出现了几个关于SARS-COV-2变体的几个。它们被认为更容易传播，并且担心有些人可以降低抗体治疗和疫苗的有效性。由休斯顿卫生学生卫生系统经营的广泛基因组测序计划已确定其患者中目前鉴定的所有六种COV-2变体。出现新的研究美国病理学杂志埃尔塞维尔(Elsevier)发表的研究发现，这些变体在休斯顿大都市区广泛分布。

“在SARS-CoV-2病毒到达休斯顿之前，我们计划了一项综合战略，以应对和减轻这种微生物对我们患者的威胁，”首席研究员、医学博士詹姆斯·m·马瑟(James M. Musser)解释说，休斯敦卫理公会病理与基因组医学系主席，美国德克萨斯州休斯敦卫理公会研究所丰德伦主席。“我们制定了一项计划，对休斯顿卫理公会系统内每个阳性标本的基因组进行测序，目的是了解病原体在我们社区的传播，并识别具有重要生物学意义的突变病毒。”

马瑟博士指出，大休斯顿区是美国第一个记录了所有这些重要的和与居民有关的变异的大都市。休斯顿卫理公会卫生系统拥有美国最大的SARS-CoV-2基因组测序操作之一，迄今已对2020年3月至2021年2月期间从患者身上采集的20453个临床样本进行了基因组测序。患者的家庭住址和邮政编码被用来观察变异是如何在大休斯顿地区庞大的、多民族的、地理上和社会经济上多样化的人口中传播的。

英国被称为B.1.1.7的变异于2021年1月在休斯顿的一名患者中首次发现，截至2021年2月在23名患者中发现。加州变种B.1.429和B.1.427于2020年12月底在休斯顿首次发现。在休斯顿的143例患者中发现了B.1.429变体，在19例患者中发现了B.1.427变体。南非变异B.1.351于2020年12月和2021年1月在休斯顿的2例患者中首次检测到。自2021年1月中旬以来，巴西P.1变异在4例患者中被发现，而P.2变异自2020年12月下旬以来在39例患者中被发现。

除了B.1.351，研究人员发现变异在地理上广泛传播，表明在社区中成功的患者间传播。所有患者均来自普通家庭或最近报告的国际旅行，表明所有感染都是在本地或国内旅行期间独立获得的。

最初，马瑟博士和其他研究人员观察到，虽然P.2感染在休斯顿地区的所有感染中只是一个次要的原因，但它却是他们人群中最常见的变异，因为它的突变有可能抵消治疗和疫苗的作用。对休斯顿地区的持续监测显示，英国B.1.1.7型是目前最普遍的变体。根据Musser博士的说法，“新的变异的出现强调了持续广泛的基因组测序工作的必要性，以进行早期识别和公共卫生预警。”

通过将SARS-CoV-2全基因组测序数据与电子病历中的患者元数据联系起来，Houston Methodist能够使用高性能计算集群和机器学习等分析工具，研究菌株毒性或患者结果等基因组多样性和特征。“我们的目标是近实时地对我们医疗系统中每个感染者的SARS-CoV-2基因组进行测序，并向外扩展到其他患者病人马瑟博士说。“我们的结果强调，有必要大幅加强基因组监测，以迅速识别和跟踪在美国和地方地区引入的新型SARS-CoV-2变种。”

莫纳博士及其同事们已经注意到，在过去的三周里，英国变体的休斯顿卫方法案件从648增加到近1,600人。他们建议，因为疫苗接种是减少循环covid-19的最佳方式变种，更大的人口占疫苗的百分比。与此同时，该团队正在保持密切关注的变种和它们引起的疾病类型。

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