参照基因组比较发现206个基因的外显子组变异差异
自人类基因组计划绘制出整个人类基因组以来的20年里，技术的进步帮助开发了用于测序的最新参考基因组。但是，尽管GRCh38 (hg38)人类参考基因组在7年多前就发布了，但较老的GRCh37 (hg19)参考基因组仍被大多数研究和临床实验室广泛使用。一项新研究发表在美国人类遗传学杂志贝勒医学院(Baylor College of Medicine)人类基因组测序中心(Human Genome Sequencing Center)的研究人员发现了两种参考文献之间的遗传变异差异，为实验室利用改进的人类参考基因组提供了指导。
这项研究的共同第一作者、贝勒大学医学家培训项目的学生Moez Dawood说:“有一个很大的推动，就是要更新基因组测序资源，使用hg38参考，因为人们认为hg38比hg19有显著的改进。”“我们希望为仍在使用hg19的实验室确定两份参考文献的测序读数的差异。”
贝勒大学的研究人员分析了来自贝勒-霍普金斯中心孟德尔基因组学项目1500多名参与者的外显子组测序样本。他们发现206基因hg19和hg38之间有不一致的变异，包括8个与孟德尔疾病有关的基因和53个与常见疾病表型相关的基因。他们发现73%的不一致变体聚集在基因组已知的装配问题，研究人员称之为不协调参考补丁(discrete)。
“这项研究不是对两篇文献的理论比较;我们研究了来自研究参与者的外显子组数据，并检查了使用更新的参考文献对孟德尔基因和致病变异的影响，”该研究的资深作者、人类基因组测序中心的助理教授Aniko Sabo博士说。“我们想提供含有不一致变异的206个基因的清单，让研究这些基因的实验室注意到这个问题。”
该研究的共同第一作者、贝勒大学(Baylor)博士后李贺(He Li)博士说:“对于不一致变体富集的206个基因中的变体解释，在分析中应该考虑参照装配差异，特别是在从一个参照点移到另一个参照点的变体坐标时。”
从使用hg19引用过渡到使用hg38引用需要大量的时间和资源。通过对测序数据的大规模研究，研究人员的目标是减轻考虑转型的实验室的负担。该研究量化了新的参考文献的优点和缺点，并在实验室环境中验证了其效用。
“做一个更好的参考是一回事。将其整合到有用的实践中是另一回事，”该研究的高级作者、人类基因组测序中心主任、贝勒大学分子与人类遗传学沃福德·凯恩主席和教授理查德·吉布斯博士说。“一些实验室一直在犹豫是否使用新的参考标准，但这项研究为那些正在考虑转移的人提供了保证和指导。”
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