发现并研究一例肾移植患者肺孢子虫肺炎暴发
卡氏肺孢子虫是一种引起肺炎的真菌感染，通常发生在免疫功能高度低下的患者中，例如最近接受移植的患者。在2019年之前，Marwan Azar，医学博士，FAST和他在内科和传染病科的同事们没有在耶鲁大学纽黑文医院(YNHH)目睹过肺孢子虫肺炎的爆发。尽管在包括加拿大、欧洲和日本在内的许多地区都发生了基因证实的疫情，但在美国从未发生过这样的病例。
然而，到了2019年，内科医生移植YNHH的传染病科开始注意到，他们在肾移植患者中发现了许多肺孢子虫肺炎病例。阿扎尔指出，“在2012年至2018年的6年时间里，我们在肾移植患者中只有4例肺孢子虫病例。然后，在2019年5月，我们突然看到了一个有趣的上升——我们看到了大约19例肺孢子虫病例。所以很明显，作为临床医生，我们知道有些地方不对劲。”
他们意识到他们手上可能有疫情爆发。在六七个病人做了测试之后肺孢子菌他们成立了一个特设委员会，从病例定义开始进行流行病学调查。基本上，哪些是疑似病例?对于阿扎尔和他的同事来说，疑似病例包括任何接受肾移植的疑似肺孢子虫患者。
“我们注意到，在记录诊所就诊次数时，就诊次数越多的人往往患有抑郁症风险增加感染肺孢子虫，”阿扎尔说。这导致了调查的第二部分，一项病例对照研究，他们将患有肺孢子虫的患者与相同年龄和移植年份的未患有肺孢子虫的患者进行了比较风险因素，如年龄，贝拉西普(一种免疫抑制剂肾移植患者这需要在移植诊所内每月进行一次输注)，从那里开始进行诱导治疗的种族和类型。他们发现，“belatacept是一个风险因素，但更大的风险因素是诊所就诊次数。我们发现，服用贝拉西普的人去诊所的次数更多，因为他们必须接受输液。所以也许belatacept只是另一个更独立的风险因素的代理。”
研究的最后一部分是基因调查。耶鲁大学的医生与美国国立卫生研究院(NIH)合作，后者进行了下一代基因测序，对肺孢子虫的整个基因组进行了测序。
总的来说，他们收集了大约9个成功扩增的标本。阿扎尔说:“我们非常震惊地发现，这不是以前文献中描述的一种基因爆发菌株，而是同时存在多个集群。所以，似乎不只是一种肺孢子虫菌株被传播，而是多种。”值得注意的是，不仅有多种肺孢子虫菌株，而且患者同时感染了多种肺孢子虫菌株。几乎令人难以置信的是，有一个病人感染了七种不同的菌株。
在他们的讨论之后，临床医生向移植肾脏病学QAPI提交了该研究的信息。他们决定成立一个委员会，他们将确定所有绝对淋巴细胞计数低的患者，并对他们进行前瞻性预防，以阻止持续的传播。他们还与Richard A. Martinello医学博士和Scott Roberts医学博士(MSCI)在感染预防方面有联系，他们专门研究传染病传播，评估移植诊所内的通风系统。
与过去没有成功的研究相比新一代测序阿扎认为，“一个主要的结论是，下一代测序应该被认为是未来肺孢子虫疫情调查的潜在关键工具，也是其他类似的人传人病原体的重要工具。”同时，他们注意到肺孢子虫在移植和发展之间有很长的间隔。中位数约为18个月。阿扎尔证实，“基于迄今为止移植后散发性肺孢子虫发病率的增加，现在有一项新的运动正在推动终身预防。”
由Azar和Maricar Malinis(医学博士，FACP, FIDSA, FAST，资深作者)领导的团队，在《美国肾移植受者中爆发卡氏肺孢子虫肺炎的遗传和流行病学分析》中发表了他们的发现临床传染病．
对阿扎尔来说，最大的收获是在了解和缓解疫情方面的合作。在描述工作流程时，他回忆道:“所以最初是由传染病科领导的，肾病科密切参与。我们一起开会。药房在帮助我们调出注射记录，剂量，时间，病人什么时候在诊所，什么时候不在诊所方面很关键。第二作者，伊丽莎白·科恩，Pharm D和我在分析上做了大量工作。我们不得不从耶鲁大学公共卫生学院请来统计学家。我们与国家卫生研究院合作。整件事花了一年多的时间。”
当然，对于一个四次回到耶鲁的医生来说——从黎巴嫩的医学生到博士后研究员，再到传染病研究员，现在，作为一名医学助理教授，耶鲁各院系和医生之间的努力是他不断回来的主要原因。“这里的人都很友好，但同时也是很棒的科学家和临床医生。耶鲁的氛围非常友好。我们都在一起工作，”阿扎尔笑着说。“自从我来到美国，这里就是我第一个称之为家的地方。我想，这几乎就像一只小鸭被印在了我身上。”
进一步探索
