代谢组学数据库的连接世界

收集任何研究项目的数据是一个关键的步骤启动。对生物医学科学家来说,这意味着深入研究海量数据分散到数以百计的公共或私人数据库。

“这个过程可能是压倒性的许多研究人员和耗时,”阿里Mostafa说,57357年,孕妇bioinformatician蛋白质组学和代谢组学研究项目,和最近发表的一篇论文的第一作者蛋白质组学杂志》描述一个新的软件包(Xconnector)很容易从多个数据库检索和可视化代谢组学信息。

代谢组学是广泛定义为细胞内代谢底物的大规模的研究和产品,组织或体液。

“与基因组学方法研究个体变异,基因或转录组检测实际的活跃,代谢组学更动态和可以捕获时间和组织的变化应对疾病或治疗。这就是为什么变得更有前途的精密医学方法,“说Sameh Magdeldin蛋白质组学和代谢组学研究项目负责人和相应的作者在纸上。

代谢组学的兴趣增长反映在数以千万计的公共存储库包含了大量不同的代谢物信息。

然而,每个数据库有其独特的格式和数据,使手工收集所需的大数据执行高通量分析过程非常繁琐,效率低下。

“每个代谢组学数据库在自己的世界里,这些世界连接成一个可访问的格式为研究人员发表说明图是新开发的核心Xconnecter软件,”阿里说。

Xconnector可以从几个大型数据库访问和检索数据包括但不限于人类代谢组数据库(HMDB),牲畜代谢物数据库(LMDB),酵母代谢物数据库(YMDB),毒素,毒素目标数据库(T3DB)和血液Exposome数据库(BEDB)。

此外,该软件可以可视化检索数据,这将帮助研究人员在选择最优策略分析。

这也是免费下载,不需要任何编程技能之前,阿里说。

之前,同样的团队设计了一个强大的蛋白质数据检索工具UniprotR下载超过18000次。在未来,球队打算更新这些工具有更多的功能,连接额外的数据库。

“我们相信数据收集工具如Xconnector将加快研究成果旨在揭示新颖的生物标志物,并解开未知生物学途径,”Magdeldin说。