废水基因检测可以有效地跟踪COVID-19变异的担忧

废水测试可以准确、快速识别COVID-19感染在社区水平,包括变异的崛起的担忧,最新研究表明由哥伦比亚大学教授莱恩ziel4。

ziel4和他的同事们分析了五个城市污水厂污水样本期间地铁温哥华地区COVID-19案件数量增加,从2月到2021年4月。

网上描述的结果,在medrxiv预印本,表明病毒浓度废水收集从温哥华地区密切跟踪临床病例的数量。

研究人员,包括土木工程博士学位学生宣林,还发现,突变的频率与变异相关的废水强烈的关注与临床诊断病例在社区的趋势。

ziel4博士在这个问答,环境工程微生物生态学研究专家,讨论了研究结果和基因组学检测废水如何通知疾病监测和管理策略。

你是怎么成为参与这项研究?

我一直在研究基因组测序的废水多年和大流行性流感爆发时,我决定将这些知识应用到理解SARS-CoV-2病毒与其他研究人员合作。我们的团队包括环境微生物学家,工程师,和流行病学家(公元前在哥伦比亚大学和美国疾病控制与预防中心),和我们很幸运与地铁温哥华为我们的工作。

像许多其他疾病,SARS-CoV-2病毒在粪便感染和病毒基因组片段可以在城市污水中发现。

最大的问题是我们如何能够快速、准确地检测这些碎片,以提供额外的输入公共卫生工具包?

你用什么方法来衡量和监控变体在地铁温哥华废水的担心吗?

我以前开发的快速和准确使用手持DNA测序,测序技术和一些修改我的团队和我这个平台适用于测量冠状病毒基因组片段在废水样本来自温哥华地区。

我们所做的是类似于工作由CanCOGeN加拿大COVID基因组学网络联盟的加拿大联邦、省和地区公共卫生当局,150000病毒基因组测序整个加拿大。但在这里,而不是患者样本测序,我们测序废水样品收集输入来自整个人口在一个地区。

你的关键的发现是什么?

的量化冠状病毒基因组片段的数量,我们发现的一个早期信号而住院或病例数的变化。这表明废水测试可以提供某种形式的早期预警。

基因组测序的废水,我们可以检测到突变的增加与变异的关注,我们提供这些信息给我们的卫生当局额外的帮助他们的公共卫生策略。

我们能够适应我们的方法寻找新兴变异和真正的快照整个地区在一个样本。基因组测序还允许我们确定哪些sewer-sheds地铁温哥华变体中越来越占主导地位。

快速排序的病毒信息让我们能够提供非常快的turnaround-we提供报告来更新我们的医疗卫生官员在三到四天从样本集合。

对未来有什么影响大流行测试和管理?

越来越多研究废水采样可用于理解COVID-19社区感染的程度。我们的目标是补充,而不是取代,其他测试流行病学方法。废水测试时可以有用的临床测试是困难的或缺乏市政规模。

我们还与加拿大的水网络合作建立一个全国性的工作小组,分享知识废水监控。这样一个全国性的网络会导致可靠的数据我们推进我们的经济重新开张。