基因变化与治疗晚期癌症揭示交互
新颖的方式来看待癌症治疗耐药性提供识别遗传机制的可能性和替代治疗方法。贝勒医学院研究人员牵头的一项研究,发表在《华尔街日报》细胞的报道,可以帮助科学家们做出合理预测基因组变化可能发生在根据治疗晚期癌症,这些变化如何影响癌症恶化和预防或减少的可能性和治疗结果。
“治疗耐药性是一个大问题癌症说,因为它会导致最坏的结果,“通讯作者乍得克莱顿博士,主任医学和癌症生物信息学教授丹•邓肯L综合癌症中心的贝勒。“通常,我们不知道是什么让肿瘤耐药。我们的方法是一种回答这个问题,因为它提供了一个战略确定的基因可能参与并可能建议可供选择的治疗方法。”
通常,当调查解释癌症的基因变化,研究人员寻找突变基因本身。在这项研究中,克莱顿和他的同事们分析基因组结构变异,而是指的变化基因组这改变了调节基因表达。
基因组结构变异时的一段DNA基因组的一部分转移到另一部分的基因组,从而打乱原来的遗传指令编码DNA。
扰乱DNA-encoded指令可以改变邻近基因的表达的方式可能导致疾病。例如,某些基因称为致癌基因,促进肿瘤生长,通常关闭。但是如果遗传指令重新排列,这样一个“开关”现在是定位的基因,然后致癌基因会打开,促进肿瘤生长。
在一个之前的研究,克莱顿和他的同事们调查了基因组结构变异的主要肿瘤。当前的研究观察了570名复发或转移性肿瘤的个性化OncoGenomics (POG)计划在公元前癌症,称为POG570队列。
研究分析了不同类型的癌症,包括膀胱、肾脏、乳腺癌、宫颈癌/卵巢,中枢神经系统,结直肠,头部和颈部,liver-biliary,肺癌、淋巴瘤、胰腺、前列腺癌、肉瘤、分泌,皮肤,胃食道、子宫等。这些肿瘤已经使用全基因组测序分析,观察DNA序列,和RNA序列,测量基因表达,代表主要样本收集病人治疗后。
“最初的研究与POG570数据主要关注点突变和小突变,”克莱顿说。“在当前的研究中,我们开始与马可·马拉博士的小组合作在加拿大的迈克尔•史密斯在公元前癌症基因组科学中心开发了POG570数据集,研究基因组结构变异对基因调控的影响晚期癌症。"
POG570数据不仅包括从先进的癌症基因组数据信息处理的许多患者已收到。
“这是一个很好的机会来看看晚期癌症的基因表达改变由于结构性变化,还什么基因改变可能与治疗有关,”克莱顿说。
一起把所有的癌症类型分析,研究小组发现300多个基因表达水平改变了。“并不是所有的这些基因会有相同的相关性疾病,”克莱顿解释道。“我们的想法是,筛选这些数据可以帮助优化基因似乎对癌症的影响高于别人,和那些更可能成为治疗的目标有关先进/转移性癌症。”
该小组还看着这些癌症基因组结构的整体程度变化与治疗。他们想要更好地了解治疗耐药性;肿瘤对治疗的反应如何帮助癌症生存。
例如,研究人员发现,治疗患者,目标DNA损伤或细胞分裂倾向于有更高的平均数量的基因重组,与改变metabolism-associated基因的表达有关。
“我们的发现可以帮助识别潜在机制抵抗治疗对癌症的基因可能参与其中。这些基因能代表潜在的新治疗晚期癌症的目标设置,”克莱顿说。“此外,研究结果可以提供建议的组合目前的疗法,未曾考虑。”
“癌症细胞基因组中积累的错误。打乱缺失或类似于书的页面改变底层的故事,基因组序列的重组会影响基因组是如何读,”合著者说,劳拉·威廉姆森博士,临床信息学团队领导在加拿大的迈克尔·史密斯基因组科学中心。“到目前为止,大多数肿瘤分析研究只有一小部分的基因组测序,经常1%或更少。在这里,我们整个基因组测序。本文最让我兴奋的是,它表明全基因组测序提供了机会去探索基因组的非编码部分如何导致癌症,尤其是治疗抵抗。”
其他贡献者这项工作包括益张、陈Fengju,艾琳游乐园,劳拉·威廉姆森卡梅隆j . Grisdale艾玛Titmuss Janessa Laskin,史蒂文•琼斯J.M.身为Cortes-Ciriano。作者是隶属于一个或多个下列机构:贝勒医学院的,加拿大的迈克尔·史密斯在公元前癌症基因组科学中心,英属哥伦比亚大学、西蒙弗雷泽大学和欧洲生物信息学研究所。
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