ο遗传学和早期传播模式的特点

SARS-CoV-2ο变体的差异从先前SARS-CoV-2变异的适应性进化,有益突变的通过自然选择传递给后代,而不是通过重组之间以前的变体,根据大型国际研究团队。这项研究最近发表在自然,是第一个描述基因组的买卖和探索变种的起源。

“我们看到SARS-CoV-2生成三个主要variants-alpha,三角洲和ο——大约16个月,这是非常奇怪,因为其他病毒不做这样重复大进化飞跃,“Maciej Boni说,生物学副教授,宾夕法尼亚州立大学,领导的重组分析全球协作。“最新variant-omicron-is非同寻常,因为更大的跳了蛋白质的进化飙升。”

Boni表示,相比以前的变体,买卖的突起蛋白30多个突变,其中许多已知影响宿主抗体中和。

“鉴于ο犯了这样一个大的飞跃进化来说,我们想调查为什么和如何这可能发生,”他说。

要做到这一点,团队是由疫情应对和创新中心在南Africa-analyzed所有可用686ο序列到12月7日,2021年。他们发现ο属于B.1.1血统,其中还包括α变体。有趣的是,研究小组发现,买卖是遗传学上截然不同的α,以及任何其他已知的变异。

”这意味着,尽管ο属于同一血统α变体,它改变了如此大的影响,它在很大程度上是面目全非的表姐或侄子α变体,“Boni说。“当ο基因组测序,很明显,这种病毒有可能完全不同于以前的SARS-CoV-2是表型变异,我们都熟悉。”

第一次出现的时候,确定何时ο变体团队采用一种技术名为time-calibrated贝叶斯系统发育分析。他们估计日期最近的共同祖先的买卖存在于2021年十月初。

接下来,该团队应用选择分析686ο序列,发现积极的证据自然选择在许多基因变体解散后从其他B.1.1血统。“这一发现导致了我们的结论,适应性进化中扮演了重要角色出现和建立ο早期,“Boni说。“这一发现表明,ο可能是进化过程的结果,创造了一个高度传染性病毒部分躲避我们的抗体反应。”

此外,发现排除重组之前的变体在买卖的起源。

“我们没有发现任何令人信服的证据的买卖的重组前SARS-CoV-2变异”Boni说。

买卖的团队确实发现一些样品显示弱的证据从三角洲病毒遗传物质,但统计分析不能排除随机机会或小测序错误的原因这种奇怪的复合信号。

“考虑到最近的错误信息表明ο和δ变异重组创建一个超级“deltacron”变体,重要的是要注意,这样的重组实际上是可能的,但目前还没有证据表明这发生,“Boni说。“此外,如果它发生,没有知道这种病毒的性质将其传输能力和/或导致严重疾病,在其他因素。”

关于买卖的遗传性,团队得出结论,部分免疫逃避的可能是一个主要推动力的迅速蔓延在南非ο鉴于免疫的南非人口的比例(从感染、疫苗接种或两者)60%以上。

“这买卖可以部分地逃避免疫系统支持其他最近的发现显示SARS-CoV-2再感染的风险增加相关的买卖的出现,“Boni说。“我们也知道现在的病毒载量ο更高的人感染,也大大有助于其透射率高。”

Boni表示,当前ο波提醒所有美国人保持COVID-19疫苗尽可能经常。

“我们不能忍受另一个日历年度一百万人死亡,”他说。