更容易、更快的分析使更多的实验室鉴别COVID-19变体

一项新的研究发现,Novaplex SARS-CoV-2变体,第二和第四实时PCR分析(从Seegene说技术)可以可靠地检测患者样本中的SARS-CoV-2和识别已知变异的兴趣和关注。PCR检测结果与这些“黄金标准”的高峰桑格基因测序的方法。研究人员也能够成功地简化测试和降低成本和周转时间处理样品没有提取RNA进行测试。他们的研究发现将发表在分子诊断的杂志。

变异的“实时聚合酶链反应(rt - PCR)方法检测,快速、简单、准确与传统测序相比,“任首席研究员平说,博士,病理学,德克萨斯大学医学分支,加尔维斯顿TX,美国. .“结合extraction-free处理方法与rt - pcr技术可以帮助实验室没有测序能力跟踪循环变量和调查variant-dependent影响治疗疗效和疾病严重程度。”

I、II和IV化验检测而设计基因突变与α,β,δ、εSARS-CoV-2的变体。在书房的时候,ο变异还没有出现。从每个样本用于测试的RNA提取Novaplex rt - pcr检测和Sanger测序。直接测试样品也没有提取RNA的Novaplex化验。

156个样本处理RNA提取,rt - pcr检测识别109个变异。与Sanger测序结果100%协议测试。RNA extraction-free方法是91.7%,敏感如传统的RNA提取方法。样本中较低病毒载量,extraction-free rt - pcr检测没有发现一些突变,大概是因为较低的核酸浓度在原始样本。

“分子SARS-CoV-2化验的主要限制因素是核糖核酸提取试剂的短缺,”该研究解释玛丽莎c·尼尔森博士,病理学,德克萨斯大学的医学分支,加尔维斯顿TX,美国. .“传统提取SARS-CoV-2的分子诊断仍然是一个耗时的方面。最近疾控中心指导建议测序仅为例循环阈值(Ct)值低于28,这表明病毒载量高,因为测序样品较低病毒载量不可靠。”

“虽然低灵敏度与extraction-free观察方法,它仍然代表了一种可行的选择,”尼尔森博士补充说。“高峰测序仍是必要的检测新的变异。”

rt - pcr检测可以对其进行定制,包括额外的代表性基因不同变体的出现和允许更容易变异检测和监测的通知公共卫生和治疗决策。而不包括在这项研究中,分析现在可用来识别Omicron-specific突变。

“确定SARS-CoV-2变体在个体患者样本可以帮助指导治疗,因为有些变异更耐目前的治疗方案,“任博士观察到。“然而,潜在影响超出了个别病人和进入公共卫生领域。跟踪变量是很重要的公共卫生监测的一部分,因为传播变体端依赖传播、疾病严重程度和治疗决策。”