新的开源项目揭示了隐藏的钩子SARS-CoV-2病毒
疫苗可能需要停止SARS-CoV-2再深入一点了解情况的。赖斯大学的研究人员提供一个新的铲。
实验室的计算机科学家丽迪雅Kavraki大米的乔治·r·布朗工程学院介绍了一个程序来寻找导致COVID-19守恒的部分蛋白的病毒。这些部分可以帮助开发未来的疫苗。
实验室的开源项目,SARS-Arena识别多肽,是病毒核衣壳的一部分蛋白质看他们如何能成为攻击目标。Kavraki说,这个项目从一开始就被设计是高度可定制的,并且易于使用。
“我们的工作不分析困难的表面峰值蛋白质冠状病毒,但这种病毒的蛋白质核心深处,“Kavraki说。“我们定义和系统化的一个复杂的过程,发现片段的蛋白质可以作为基础开发新型疫苗。”
关于SARS-Arena出现在细节免疫学前沿。
程序构建实验室的建立HLA-Arena之上,一个可定制的管道结构建模和分析将部分形成的复合物的蛋白质和人类白细胞抗原(HLA)受体,细胞免疫的中心。
SARS-CoV-2核衣壳蛋白紧凑,隐藏在非典壳,它有助于在病毒基因组的包装。在非典病毒蛋白是高度保守的,因为它位于内病毒的一部分,它也受突变比蛋白质表面信封,尤其是突起蛋白最新COVID疫苗的目标。
表面蛋白疫苗是一个移动的目标,作者和博士后研究员毛说我想瑞格。ο变体有30多个突起蛋白的突变,这可能导致其快速的感染率。
核衣壳蛋白高表达在感染。也会增加机会的免疫系统发现它们和移动。核衣壳是高度免疫原性,使它们可能引发免疫反应。
但并不是所有的守恒的肽在核衣壳是已知的“钩子”,也没有足够的数据如何绑定到hla。识别更多的人可以帮助寻找广谱、持久的冠状病毒疫苗,瑞格说。
“我们感兴趣的主要是细胞免疫反应引发了反对核衣壳肽,”他说。所以论文的第一部分是关于识别这些守恒的肽。在第二部分中,我们提供了一种方法来分析不仅肽的序列,还如何绑定到HLA分子。
“我们可以寻找线索肽是如何呈现的上下文免疫反应,”瑞格说。“我们表明,通过结构分析,我们可以识别可交叉反应的肽和类似肽潜在可交叉反应的。这些类似的肽,不是在文献中描述的假定的新疫苗的目标。”
有研究表明,免疫系统T细胞取自恢复COVID-19病人可以识别多个区域的核衣壳蛋白,提供长期的保护性免疫。因此,寻找核衣壳内肽目标成为一个值得追求的目标,瑞格说。
新工作是一个延续的水稻团队努力简化寻找冠状病毒疫苗。在2020年11月发表的论文美国国家科学院院刊》上,研究人员发现了一个SARS-CoV-2肽影响绑定的稳定免疫系统受体,影响身体攻击病变细胞的能力。另一篇论文在6月份发表的自然科学报告提高了他们的算法来预测肽结构和hla之间的亲和力。,研究影响病毒和癌症疫苗的发展。
