研究人员开发了快速COVID-19测试，可在数小时内识别变异
去年，病理学家Jeffrey SoRelle博士和同事开发了CoVarScan，这是一种快速检测COVID-19的方法，可以检测SARS-CoV-2病毒的八个热点特征。现在，在对德克萨斯大学西南分校收集的4000多名患者样本进行CoVarScan测试后，该团队在报告中报告临床化学他们的测试与其他用于诊断COVID-19的方法一样准确，并且可以成功区分当前所有的SARS-CoV-2变体。
“使用这种测试，我们可以非常快速地确定社区中有哪些变体，以及是否有新的变体变体正在出现，”病理学助理教授和该研究的高级作者SoRelle博士说。“当我们处理对治疗反应不同的变异时，这对个体患者也有影响。”
德克萨斯大学西南分校从前人类基因组学中心的测试结果帮助公共卫生领导人跟踪COVID-19在德克萨斯州北部的传播，并根据变异的流行情况做出政策决定。医生们也根据结果进行选择单克隆抗体对感染重症COVID-19患者的某些菌株更有效。
虽然有一些其他的COVID-19检测方法，但它们通常检测到SARS-CoV-2的片段遗传物质或小分子表面发现的病毒，并不能提供识别变异的信息。此外，许多研究人员担心这些测试在检测某些变异时并不准确，或者可能会遗漏未来的菌株。为了确定患者携带的是哪种COVID-19变体，科学家通常必须使用全基因组测序这种方法既耗时又昂贵，它依赖于复杂的设备和分析来阐明病毒中包含的整个RNA序列。
2021年初，德克萨斯大学西南分校的SoRelle博士和他的同事们想要追踪目前的检测方法在检测SARS-CoV-2新变体方面的效果。但他们意识到，对大量标本进行测序既不及时，也不划算，所以他们设计了自己的测试，在麦克德莫特中心下一代测序核心工作，该中心是尤金·麦克德莫特人类生长与发育中心的一部分，由内科和分子遗传学教授海伦·霍布斯(Helen Hobbs)博士指导。
CoVarScan专注于SARS-CoV-2的八个区域，这些区域在病毒变体之间通常不同。它能检测出微小的突变(其中RNA组成单元的序列不同)，并测量随着病毒进化而倾向于增长和收缩的重复遗传区域的长度。该方法依赖于聚合酶链反应(PCR) -一种在大多数病理实验室中常见的技术-在这八个感兴趣的位点复制和测量RNA。
为了测试CoVarScan的工作效果，SoRelle博士的团队对2021年4月至2022年2月在德克萨斯大学西南医学院收集的4000多份covid -19阳性鼻拭子样本进行了测试，这些样本来自有症状和没有症状的患者。这些检测通过金标准全基因组测序进行了验证，结果被医生用来选择一些COVID-19危重患者的治疗方法。
与全基因组测序相比，CoVarScan的敏感性为96%，特异性为99%。它确定并区分了COVID-19的Delta、Mu、Lambda和Omicron变种，包括BA.2版本的Omicron，它曾经被称为“隐形Omicron”，因为它没有出现在一些旨在检测Omicron菌株的测试中。
“对这种测试的普遍批评是，它需要不断调整新的变体，但CoVarScan在一年多的时间里不需要任何调整;它仍然表现得很好，”索雷尔博士说。“在未来，如果我们确实需要调整它，我们可以很容易地为测试添加多达20或30个额外的热点。”
SoRelle博士计划继续开发CoVarScan作为商业测试，并正在申请基于这项工作的专利。作为变体基因分型PCR检测的发明者，索雷尔博士有权从其使用中获得收入。
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