家族关系:遗传基因变异增加霍奇金淋巴瘤的风险
“为什么我的孩子会得癌症?”
临床医生一直渴望找到一种方法来帮助回答这个问题。医生知道霍奇金淋巴瘤有时会发生在家族中，但为什么会发生一直是个谜。圣裘德儿童研究医院的科学家们现在帮助解决了这个问题。研究人员研究了多个受霍奇金淋巴瘤影响的家庭，并确定了与患病风险增加有关的遗传变异。该研究结果作为第一版发表在血．
霍奇金淋巴瘤癌症淋巴系统(免疫系统的一部分)，影响淋巴结，但可扩散到脾脏、肝脏、骨髓和肺。在美国，每年有多达7000例新确诊病例。霍奇金淋巴瘤是青少年中最常见的癌症类型，5年生存率为90-95%。
“我们无法告诉这些家庭任何事情，除了这只是运气不好，因为没有人知道为什么不止一个家庭成员会患上霍奇金淋巴瘤，”共同第一和共同通讯作者杰米·弗莱拉格博士说，他是圣裘德肿瘤科的医学博士。“我们进行这项研究，是因为了解这些家庭中导致癌症的原因，将有助于我们更好地建议人们将遗传风险传递给后代的可能性，也有助于我们确定可能用于创造新治疗方法的新靶点。”
家族血统有助于揭示变异
为了研究霍奇金淋巴瘤在家族中的发病率，研究人员创建了谱系图，这是一种在跟踪癌症发病率时揭示家族联系的图表。选择标准要求两名或两名以上的一级亲属患有霍奇金淋巴瘤，其中一人确诊时年龄必须小于21岁。
科学家们进行全基因组测序对36个家族的234名成员进行了研究，并确定了44种增加霍奇金淋巴瘤风险的变异(33种编码和11种非编码)。这些发现包括以前与疾病易感性无关的新基因变异，如PAX5、GATA3、IRF7、EEF2KMT和POLR1E，以及已知的变异，如KDR和KLHDC8B。
“当你试图理解为什么某些人更容易患某种癌症时，遗传变异可能是一个重要的缺失拼图，”圣裘德综合癌症中心血液恶性肿瘤项目的联合通讯作者Jun J. Yang博士说。“全基因组测序可以让你超越主要的遗传变异，看到非编码或表观遗传变异，这是一个强大的工具，可以帮助解释是什么让一个人患霍奇金淋巴瘤的风险更高。”
这一发现背后的生物信息学
在圣犹大建立的一个强大的生物信息学管道对于通过家族谱系分析和跟踪变体至关重要。这一过程包括运行算法来识别每个个体的变异，然后获取谱系并通过遗传系统追踪变异家谱找出哪些与癌症有关。40多个注释数据库和软件为这项工作提供了支持，从而形成了一个快速、健壮的分析家庭数据的管道。
圣裘德应用生物信息学中心的共同第一作者Jason Myers说:“我们结合了几种现有的工具以及定制的方法，制作了一个管道，可以以一种有意义的方式处理来自这些家庭的数据。”“制造这个管道的工作并不是针对霍奇金淋巴瘤的;该管道可用于任何涉及家庭的其他疾病，包括其他类型的癌症和癫痫等神经系统疾病。”
该队列的家庭包括在圣裘德接受治疗的患者，以及由美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)率先开展的家族终生队列研究的许多家庭。分析显示，在大多数家庭中，遗传变异可能使个体易患这种疾病，突出了基因的重要作用遗传素质对霍奇金淋巴瘤的理解。
圣裘德应用生物信息学中心的Evadnie Rampersaund博士说:“家族谱系和全基因组测序方法使这项研究与众不同，因为它们允许我们把基因组学工具包中的所有东西都放在这个问题上，以梳理每个家庭中发生的事情。”“我们有一个绝佳的机会来开发一个高度全面的生物信息学管道，用于询问家族中的编码、非编码和拷贝数变体。这个项目是一个大规模的合作，在圣裘德内部的相互联系的机会和人才中闪耀着光芒。”
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