一种快速、高灵敏度测定废水中SARS-CoV-2的方法
基于废水的流行病学(WBE)已被证明是了解SARS-CoV-2在社区传播的一种极好的手段。它现在被用于世界各地的多个地区,以跟踪病毒的流行情况,作为确定COVID-19状态的代理。尤其重要的是,WBE可用于估计COVID-19的流行情况,包括无症状病例。然而,WBE检测SARS-CoV-2的一个主要缺点是传统方法不太灵敏,不能可靠地检测到低病毒载量。
来自北海道大学和盐野木株式会社的科学家团队开发了一种简单、快速、高灵敏度的方法,用于检测废水中SARS-CoV-2。该方法名为EPISENS-S,不需要专门的设备全环境科学“,.
在2019冠状病毒病大流行期间,日本的人均病例数最低。因此,病毒大量涌入污水已经建立的WBE方法也较低,而且由于它们的灵敏度低,很难进行评估。研究团队之前的工作表明SARS-CoV-2病毒与污水中的固体有关因此,他们专注于开发一种分析废水固相的方法。
他们开发的EPISENS-S方法包括离心收集废水样品分离样品中的所有固体。然后用一种市面上可以买到的工具包对这些固体进行处理,以提取所有的RNA;然后RNA被逆转录和扩增,以获得大量的DNA副本。另一组样品被用聚乙二醇然后是RNA提取和逆转录合成DNA:这种方法目前在日本广泛应用。从这些方法中获得的DNA进行定量PCR (qPCR)。
研究小组发现EPISENS-S方法的灵敏度大约是聚乙二醇方法的100倍。他们使用EPISENS-S对来自两个国家的废水进行了长期分析污水处理厂并发现收集的样本中RNA浓度的变化与该城市报告的病例数量的变化具有高度相关性。EPISENS-S还可以检测和定量辣椒轻度斑驳病毒(PMMoV),该病毒与辣椒轻度斑驳病毒有关粪便物并被用作内部控制。
EPISENS-S提供了一种跟踪无症状以及未被临床证实的COVID-19病例的方法。此外,随着接种率的提高,它有很大的潜力继续跟踪SARS-CoV-2的流行。最后,EPISENS-S还可以用于跟踪其他感染人数和病毒载量较低的病毒性疾病。
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