基因组方法有助于西雅图2017-2022志贺菌爆发的研究

对西雅图持续爆发的耐多药志贺菌病的基因组研究使科学家能够追溯其起源和传播。对肠道病原体及其传播模式的进一步分析有助于指导检测、治疗和公共卫生应对措施。

2017-2022年疫情的基因组重建以及对患者护理和治疗的回顾公共卫生干预被报道于1月30日《柳叶刀》传染病杂志．

西雅图的研究人员指出:“这项研究的目的是更好地了解艾滋病的社区传播。志贺氏杆菌以及抗菌素耐药性在我们人群中的传播，以及更有效地治疗这些耐多药感染。”

志贺氏杆菌在没有足够公共卫生和卫生资源的国家，疫情更为频繁。但研究人员称志贺氏杆菌一个投机取巧的病原体在条件允许的情况下，高收入国家地区也可能出现这种情况。

他们解释说志贺氏杆菌疫情城市地区对试图应付恶劣生活条件和缺乏卫生设施的人口构成重大的公共卫生挑战。

这篇论文的主要作者是华盛顿大学医学院检验医学和病理学系的Giannoula S. Tansarli博士和麻醉学系重症监护医学部的Dustin R. Long博士。

资深通讯作者是华盛顿大学实验室医学、病理学和微生物学教授Ferric C. Fang博士医学院．他负责监督港景医疗中心的临床微生物实验室，并对细菌如何引起疾病进行基础科学研究。他的同事Stephen J. Salipante博士是一名分子遗传学病理学家，也是下一代DNA测序技术的专家。

志贺氏菌病是由志贺氏杆菌细菌，它会在肠道内壁产生炎症。它的症状包括发烧、胃痉挛和腹泻，在更严重的情况下，还会出现痢疾和脱水。一些志贺氏菌病患者病情严重，需要住院治疗。志贺氏菌病具有高度传染性。仅仅几个细菌的传播就足以引起疾病。

2017年至2022年，全部178例志贺氏杆菌由Harborview医疗中心和UW医疗中心的临床实验室鉴定，通过物种鉴定、敏感性测试和全基因组测序进行了特征分析。在这项研究中，研究人员回顾性地检查了感染患者的人口统计数据和临床结果。

在178例病例中，78例(45.6%)为男男性行为者，88例(51.5%)为无家可归者。大约一半的志贺氏杆菌分离株对多种抗生素具有耐药性．

研究人员还获得了143名接受抗菌治疗的患者的数据。尽管抗药性很高志贺氏杆菌在美国，近70%的患者接受了适合他们的抗菌治疗志贺氏杆菌感染。研究人员补充说，对寻求严重腹泻治疗的患者进行快速诊断和细菌培养，同时评估风险因素和详细了解当地受影响人群，导致了较高的适当治疗率。随着时间的推移，随着临床医生对这种疾病的经验越来越丰富，治疗方法也在不断改进。

该研究的基因组分析部分揭示了两个物种的几个不同谱系的连续爆发志贺氏杆菌，美国flexneri而且美国sonnei．不同的高危人群被发现携带志贺氏杆菌具有不同耐药特性的不同血统。这些信息帮助临床医生制定有效的治疗指南。

这是怎么回事志贺氏杆菌西雅图爆发疫情了?研究人员的基因组研究结果表明，它最初来自于来自以下地区的国际旅行者志贺氏杆菌是常见的。然后在当地高危人群中迅速传播。

研究人员解释说，多药耐药志贺氏杆菌已成为一个日益严重的全球健康问题，在世界各地爆发了许多疫情。这些疾病大多发生在男同性恋者身上。多种肠道病原体可以通过这种方式在男性之间传播。

然而，在过去几年中，志贺氏菌病也在美国和加拿大西海岸城市的无家可归者中爆发。

全基因组测序使研究人员能够确定新的美国sonnei而且美国flexneri这种病毒首先出现在西雅图与男性发生性关系的男性中。这很快就在当地无家可归的人群中传播开来。西雅图-金县地区2020年后志贺氏菌病在这一人群中的显著增加证明了这一点。

冬季疫情更为严重，这是流感的季节性特征志贺氏杆菌这可能是因为在寒冷的天气里，避难所和其他地方会更加拥挤。方医生指出，志贺氏菌病引起的病例不同美国sonnei今年冬天在西雅图遇到了这种病毒。

西雅图的疫情遵循了其他国家早些时候报告的疫情的特征。

制定了几项公共卫生措施来限制霍乱的传播志贺氏杆菌．首先是检查可能的合同来源志贺氏杆菌．在西雅图市中心，人们放置了一些标志，劝阻人们不要饮用装饰性喷泉的水。当地无家可归者服务提供者获得了预防资源和指导。外联小组访问了营地和过夜的庇护所，提供健康教育，改善清洁水、厕所、洗手站的供应，并采取其他卫生措施。

作为COVID-19大流行应对措施的一部分，许多公共设施，如卫生间、水池和饮水机已经关闭。公共卫生官员要求早日重新开放营地附近和人们露宿街头的地区的这些设施。他们还加强了西雅图市中心被用作厕所的小巷的环境清洁。

作者指出，这项研究志贺氏杆菌西雅图的这次疫情代表了当地卫生保健设施、临床和学术实验室、抗菌素管理、感染控制和公共卫生团队的共同努力。