两篇新论文演示了如何使用Outbreak.info作为COVID数据的一站式在线来源

虽然COVID-19可能正在从“大流行”阶段过渡到“地方病”阶段，但继续实时跟踪病毒仍然至关重要。两篇新发表的论文自然方法2023年2月23日，斯克里普斯研究中心的科学家们展示了Outbreak.info作为关于COVID-19病毒及其许多变体的标准化、可搜索的信息来源。

自COVID-19大流行开始以来，科学家、记者、公共卫生官员和其他对跟踪冠状病毒的实时传播和演变感兴趣的人都使用Outbreak.info访问了两个核心功能:每日变体情况的报告追踪SARS-CoV-2变种的流行情况;网站的研究图书馆，任何人都可以快速搜索数十万份最近和历史上与covid相关的出版物，临床试验无论资源类型或存储库位置如何，都可以跨许多源使用数据集、协议和其他资源。

该网站由斯克里普斯研究所的多位科学家共同开发，包括研究所研究员Laura Hughes博士、Kristian Andersen教授、副教授吴春雷博士和病毒系统生物学中心(CViSB)的Andrew Su教授。病毒系统生物学中心是一个多学科研究小组，他们使用基因组学、生物信息学、计算生物学和其他研究领域来调查决定疾病结果的病毒属性。

Hughes说:“自COVID-19爆发以来，全球社区通过GISAID计划进行了前所未有的测序并公开分享了1400多万个基因组。”“SARS-CoV-2变种极大地改变了大流行的进程，omicron等变种在全球引发了新一波病例。

“尽管对COVID-19进行了前所未有的大量研究，为追踪疾病提供了新的机会病毒实时分析和解释如此大量的数据仍然是一个基本的挑战。在Outbreak.info中，每日变异报告提高了研究人员跟踪SARS-CoV-2基因组变化的能力，并将其转化为更好地了解病毒的能力。”

Outbreak.info平台目前筛选来自7000多个地点的数据，根据对完整或近乎完整的病毒基因组的分析，追踪4000万种Pango谱系组合，即SARS-CoV-2基因不同的谱系。重要的是，这些谱系包括令人担忧的SARS-CoV-2变种，其中许多可能导致更严重的疾病。

此外，研究图书馆将不同类型的研究数据聚合到一个可搜索的平台中，允许研究人员同时发现新的出版物、临床试验、数据集等。

Hughes补充说:“许多专门的网站已经独立开发，以对特定类型的COVID-19研究进行编目(例如出版物)，但我们将outbreak .info开发为一个集中的标准化存储库。”“将各种各样的研究整合在一个地方，可以提高研究人员在海量数据中发现这些资源的能力，然后将它们转化为对病毒的新见解。”

虽然COVID-19大流行的“紧急阶段”正在逐渐结束，但休斯和安德森都强调，继续对COVID-19进行研究对于了解病毒、跟踪其演变以及改进诊断和治疗方法至关重要。

安德森说:“近几个月来，随着大流行过渡到流行阶段，许多COVID-19数据跟踪项目被迫缩小规模或完全关闭。“然而，由于获取最新信息和数据的机会较低，实时监测系统对于跟踪病毒以了解变异的出现和重新出现变得越来越重要。像爆发。info这样的平台全球社区对支持这些努力至关重要——不仅是针对SARS-CoV-2，还有其他新出现的病原体。”