基于web的工具使疫苗开发更快、更准确
德克萨斯生物医学研究所及其合作者开发的一种新的软件工具可以帮助科学家和疫苗开发人员快ob欧宝直播nba速编辑病原体的遗传蓝图,使其危害更小。
这个工具叫做代码密码子反优化(密码子反优化)使用户能够对基因进行精确编辑代码为了使基因更少的功能——换句话说,去优化基因。
通常,疫苗开发人员希望优化或提高某些基因的表达,有很多软件工具可以帮助实现这一目标。但对于某些类型的疫苗来说,为了使疫苗安全有效,去优化(关闭)某些基因是至关重要的。
德州生物医学教授Luis Martinez-Sobrido博士解释说:“直到现在,还没有工具来帮助反优化。”他领导了CoDe背后的团队。
Martinez-Sobrido博士是病毒学和疫苗研发方面的专家。他与马德拉斯印度理工学院的生物信息学专家和西班牙动物研究中心的病毒学家合作构建了CoDe。他们最近在杂志上描述了他们的工具生物信息学的发展.
拒绝基因表达可用于广泛的研究,对研制减毒活疫苗尤其重要。这类疫苗包括病毒的全部基因序列,而不仅仅是病毒的一小部分。但该病毒已被减毒,或调整,以不引起疾病。这是一种常用的疫苗平台,已用于流感、天花、黄热病以及腮腺炎、麻疹和风疹。
这类疫苗旨在引起持久、强大的免疫,而且必须将病毒的毒性减弱到足以使其不能恢复到原来的形态。
“有了CoDe,我们可以精确地使数千个核苷酸突变单基因这使得病毒极其难以恢复,”马丁内斯-索布里多博士说。“它还使我们能够调节小片段的基因表达,而不是完全摧毁整个基因。这对疫苗设计和基础研究都非常有帮助。”
用户告诉CoDe哪个基因序列要去优化。该程序识别哪些特定的核苷酸(字母)要改变遗传密码这就产生了一种有功能但无害的病毒。
该程序的一个显著特点是,它可以自动转换所需的编辑来衰减一个疫苗为不同物种设计。例如,流感疫苗对猪,鸡,人都是不同的。
虽然是为病毒设计的,但CoDe可以很容易地适用于其他生物,如细菌。
德克萨斯生物医学创新经理Tracey Baas博士解释说:“科学家们一直在等待这种工具,因为在他们手工操作之前。”“这将帮助他们更快地进行编辑,并避免因人为错误而出现的潜在错误。”
该工具是受版权保护的,但可以免费提供给学术环境中的其他人使用。
更多信息:Divya Sharma等人,CoDe:基于web的密码子反优化工具,生物信息学的发展(2022)。DOI: 10.1093 / bioadv / vbac102