本文综述了科学根据X编辑过程政策编辑器强调了以下属性同时确保内容的可信度:

核查事实的

同行评议的出版物

可信的源

校对

升级越来越multi-omics数据计算工具

圣裘德工具变得更加multi-omics数据
隐藏的司机NetBID2分析的概述。Multi-omics数据,如基因组学、转录组、蛋白质组学和phosphoproteomics,衡量的定量特征的基因在不同的阶段,可以用来识别必不可少的司机传统微分分析病例对照研究。然而,许多关键的司机,尤其是“隐藏的司机”,没有显示太多的微分表达式,但仍感兴趣的生物过程中发挥重要作用。NetBID2提供了一个全面的工具包来探索“隐藏的司机”下面的关键步骤。步骤1:逆向工程上下文特定的网络从一个大规模的表达谱。步骤2:活动从multi-omics数据推理总结候选人的表达模式驱动程序的预测目标基因。第三步:做统计分析,发现司机明显multi-omics微分活动和集成。在以前的应用程序,NetBID2能够成功识别“隐藏的司机”显著差活动,但没有显著差异表达情况与控制和突变体与野生型的比较研究。此外,司机的活动水平而不是表达水平显示更好的性能在生存概率分析。信贷:自然通讯(2023)。DOI: 10.1038 / s41467 - 023 - 38335 - 6

尽管惊人的进步在理解癌症的生物基础,许多癌症是缺少明显的遗传的司机。当科学家们不能确定的因素驱动癌症,治疗更加困难。

圣裘德儿童研究医院的科学家们希望与一个更新的方式解决这个问题来分析multi-omic(主要是转录组和蛋白质组学)数据。研究人员创建了一个下一代获得新的见解和隐藏的制药的目标。发表在该工具的功能自然通讯今天。

更新应用程序,NetBID2,成功地揭示了这儿的蛋白质生物过程(如细胞快速增长)导致。这些隐藏的司机现在新的治疗机会,因为现有药物已经可以目标或因为他们可能激发药物开发者做出新的疗法。

“我们使人们更容易找到隐藏的司机,“通讯作者旸Yu说,博士,圣裘德计算生物学。“寻找隐藏的司机是很重要的,因为许多这些潜在制药的目标。NetBID2能找到这些司机和可能他们很快进入临床试验。我们可以使用一个已经fda批准的药物目标识别隐藏的司机一个完全不同的病人可能受益的人群。”

网络方法发现隐藏的司机

RNA序列的大量数据从特定的细胞或癌症类型可以包含有价值的信息必须找到隐藏的司机的疾病;然而,标准分析工具很难找到他们。NetBID2续集最初于2018年开发的工具。他专门设计的这些工具找到隐藏的司机通过挤出更多的从“。"

“NetBID2使我们能够最大化我们的数据,”Yu说,“特别是RNA序列数据。它超越了传统的突变或微分基因表达数据揭露隐藏的事件和可能的功能重要的信息。”

隐藏的司机不能发现的传统基因组学或测序的方法,因为他们的活动取决于转录后修饰和其他机制,传统测序但影响其他基因的表达。

因此,NetBID2 RNA序列数据,然后生成一个基因基因interactome。这interactome跟踪司机候选人及其下游效应基因之间的关系,以确定哪些信号蛋白是最关键的核心关系,燃料的疾病。这些“中央枢纽”指导网络隐藏的司机。

“NetBID2寻找隐藏的司机像联邦调查局将寻找犯罪的老板,”Yu说。

“如果你看看怀疑,没有直接证据连接任何罪行。捕捉他们的方法是首先建立一个网络的同事。我们做同样的事情,当我们构建生物网络通过收集大量的数据成员和他们的关系。然后我们找老板的首次在网络邻居当我们看一个隐藏的司机的活动。这是唯一的方法来捕获,使老板activities-otherwise推理,没有办法识别它们。我们发现这些隐藏的司机的牵连。”

证明该工具的功能,圣裘德组显示它可以找到生物意义隐藏司机三个不相关的样本。使用NetBID2,研究小组发现未被欣赏的角色MYC在成人肺癌和NOTCH1难治性小儿白血病的信使核糖核酸或蛋白质含量标准微分表达式分析没有发现,尽管基因之前已经与癌症有关。

他们还发现了一个未被欣赏的角色Gabpa在正常免疫细胞的功能。基因是特定于上下文的重要性在每种情况下,强调需要有针对性的分析。

软件的其他功能,如新的可视化工具,是为了便于进一步分析和发现隐藏的司机从复杂网络的RNA-seq和,在某些情况下,蛋白质组学数据。

NetBID2是免费的GitHub库。的圣裘德云,其中包括一个NetBID2应用和数据从许多multi-omics项目,也为其他科学家免费使用为进一步发现隐藏的司机的基本生物学和疾病。

更多信息:欣然董et al, NetBID2提供全面的隐藏驱动程序分析,自然通讯(2023)。DOI: 10.1038 / s41467 - 023 - 38335 - 6

期刊信息: 自然通讯

引用:升级计算工具变得更加multi-omics数据检索(2023年5月4日)2023年5月6日从//www.puressens.com/news/2023-05-tool-multi-omics.html
本文档版权。除了任何公平交易私人学习或研究的目的,没有书面许可,不得部分复制。内容只提供信息的目的。

进一步探索

“隐藏”司机发现有助于主要抗肿瘤免疫反应

5股票

反馈给编辑